堆肥是一種很好的微生物肥料，其中的有機原料中加入高纖維質有機物，如稻稈、麥稈、蔗渣、稻谷等，再配合化肥及土壤微生物同時耕入土中，可得良好土壤改良之效果。高纖維提供微生物的棲息環境微生物并由堆肥及化肥取得了所需營養而大量繁殖，建立良好土壤“生物相”。微生物在土壤中可分泌大量多醣類黏液、促使土壤團；，并在土壤中不斷緩慢發酵以疏松土質。
秸稈纖維質可助土壤吸水性、空隙度及排水性，直接促進土壤“物理相”。土壤微生物從而棲息繁衍并分泌大量生化物質，包括活性酶、抗菌素、抑蟲素、溶磷物質、維生素、促長素等等，以改良土壤的“生化相”。秸稈纖維質、有機、無機肥份與菌種的同時投入能促進有益微生物的繁殖進而同步改善土壤“生物相”、“物理相”及“生化相”之平衡達到完善土壤改良的效果。
多雨的季節農作物因根部浸水而腐爛，其實爛根的主兇并不是單純的水分而是溶于水中的硫化氫、氨氣、甲硫醇等毒素。這些有害氣體一部分由蛋白質分解及氮肥脫氨而產生，另外也有一部分硫化氫由土壤中厭氣性菌，如硫酸還元菌施肥不當所產生的氨氣，對生物、環境空氣有害，在淹水狀態下繁殖而產生，這些氣體溶于水中接觸根部，將會毒害組織而造成爛根，同時病害菌就乘機侵入根部而造成各種病害及落花、落果等現象。
土壤微生物群中，如光合成菌，它在淹水缺氧的條件下可利用硫化氫、二氧化碳、水及日光或熱能，將之轉化成單醣類及硫酸根，而硫酸根又能與氨合成為硫酸氨，成為植物的養分。不但產生葡萄糖又使硫化氫、氨氣的毒性從泥水中消失，而且還能把它們轉變成有用的養分，一舉兩得，這就是有益土壤微生物的一大功勞。