微生物肥料是一種新型的肥料，其中含有大量的微生物，在這些微生物繁殖和新陳代謝的情況下，才能為農(nóng)作物提供更好的營(yíng)養(yǎng)，因此，微生物肥料中有益微生物的種類(lèi)、生命活動(dòng)是否旺盛是其有效性的基礎(chǔ)，而不像其它肥料是以氮、磷、鉀等主要元素的形式和多少為基礎(chǔ)。
微生物肥料還有一些其它肥料沒(méi)有的特殊作用：
1.提高化肥利用率的作用
微生物肥料在解決化肥利用率低方面有獨(dú)到的作用。根據(jù)中國(guó)作物種類(lèi)和土壤條件，采用微生物肥料與化肥配合施用，既能增產(chǎn)，又減少了化肥使用量，降低成本，同時(shí)還能改善土壤及作物品質(zhì)，減少污染。
2.在綠色食品生產(chǎn)中的作用
隨著人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對(duì)生活質(zhì)量提高的要求，都在積極發(fā)展綠色農(nóng)業(yè)（生態(tài)有機(jī)農(nóng)業(yè)），生產(chǎn)、無(wú)公害的綠色食品。近年來(lái)，中國(guó)開(kāi)始使用具有特殊功能的菌種制成多種微生物肥料，不但能緩和或減少農(nóng)產(chǎn)品污染，而且能夠改善農(nóng)產(chǎn)品的品質(zhì)。
3.微生物肥料在環(huán)保中的作用
利用微生物的特定功能分解發(fā)酵城市生活垃圾及農(nóng)牧業(yè)廢棄物而制成微生物肥料是一條經(jīng)濟(jì)可行的有效途徑。目前已應(yīng)用的主要是兩種方法：
（1）將大量的城市生活垃圾作為原料經(jīng)處理由工廠(chǎng)直接加工成微生物有機(jī)復(fù)合肥料。
（2）工廠(chǎng)生產(chǎn)特制微生物肥料（菌種劑）供應(yīng)堆肥廠(chǎng)（場(chǎng)），再對(duì)各種農(nóng)牧業(yè)物料進(jìn)行堆制，以加快其發(fā)酵過(guò)程，縮短堆肥的周期，同時(shí)還提高堆肥質(zhì)量及成熟度。
4.改良土壤作用微生物肥料中有益微生物能產(chǎn)生糖類(lèi)物質(zhì)，占土壤有機(jī)質(zhì)的0.1%，與植物粘液，礦物胚體和有機(jī)膠體結(jié)合在一起，可以改善土壤團(tuán)粒結(jié)構(gòu)，增強(qiáng)土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，有利于提高土壤肥力。
微生物化肥對(duì)農(nóng)作物的生長(zhǎng)起到了很大的作用，使人們的生活有了很大的改善，農(nóng)業(yè)的發(fā)展也越來(lái)越快，未來(lái)微生物化肥可能將更加推廣。