沼渣、沼液是很好的肥料，在蔬菜上使用有許多好處，但是在蔬菜生產過程中，往往因使用方法不當，造成秧苗萎蔫甚至死苗，從而影響蔬菜的產量和品質。在生產上科學使用沼渣、沼液要注意以下幾條禁忌：
一忌在棚室內的沼氣池池頂蓋和出料口封閉不嚴。如果封閉不嚴，未經脫硫的沼氣會把蔬菜葉片燒干。
二忌出池后馬上施用。因為沼液、沼渣的還原性較強，如立即施用剛出池的沼肥，它會與作物爭奪土壤中的氧氣，影響種子發芽和根系發育，導致作物葉片發黃、凋萎。因此，沼肥出池后，應先在儲糞池中堆漚5～7天再施用。
三忌不對水直接施用。如不對水直接施在作物上，尤其是用來追施幼苗，會使作物出現灼傷現象。沼液作追肥時，要先對水，一般對水量為沼液的一半。
四忌表土撒施。沼肥施于旱地作物宜采用溝施、穴施，然后蓋土，或灌溉時順水均勻施入田面。
五忌與草木灰、石灰等堿性肥料混施。草木灰、石灰等與沼肥混合會造成氮肥的損失，降低肥效。
六忌過量使用。使用沼肥的量不能太多，一般要比施用普通豬糞肥少，否則，會導致作物徒長而減產。