在番茄生產中，應對番茄進行配方施肥。生產100公斤番茄需要氮0.4公斤、磷0.45公斤、鉀0.44公斤。按畝產5000公斤計算，定植前苗施優質有機肥2000公斤、硫酸銨15公斤、過磷酸鈣50公斤、硫酸鉀15公斤做基肥。穗果膨大到雞蛋大小時應進行次追肥，苗施硫酸銨18公斤、過磷酸鈣15公斤、硫酸鉀16公斤。第三、四穗果膨大到雞蛋大小時，應分期及時追施“盛果肥”，這時需肥量大，施肥量應適當增加，每次每畝追施硫酸銨29公斤、過磷酸鈣18公斤、硫酸鉀20公斤。
針對目前設施番茄氮磷化肥用量普遍偏高，造成土壤中氮、磷養分積累，氮、磷、鉀養分供應與蔬菜需求的比例失衡，造成土壤質量、蔬菜品質下降等問題，在種植過程中應遵循以下幾個原則：
1.依據土壤肥力條件，綜合考慮環境養分供應，適當減少氮磷化肥的用量。
2.老菜棚注意多施含秸稈多的堆肥，少施雞糞、鴨糞等禽類糞肥，這樣可以恢復地力，補充棚內二氧化碳，對除鹽、減輕連作障礙等也有好處。
3.早春溫度低，土壤養分供應慢，前期追肥要跟上，5月份以后減少氮肥追肥，增加鉀肥的使用；初秋溫度高，土壤有機養分供應能力強，以控為主，不要追肥。
4.推薦施肥應與合理灌溉緊密結合，建議采用膜下溝灌、滴灌等，每次每畝灌溉不超過30平方米，沙土不超過22平方米。
5.對于越冬長茬的番茄，利用夏季休閑可以種植甜玉米，做到合理輪作，克服連作障礙。