種肥是指與播種同時施下或與種子拌混的肥料。種肥對作物種子的影響是很大的，如選用恰當，可以作物種子順利萌發及幼苗茁壯成長，但有些肥料是不宜作種肥的。
首先是有毒害的肥料。尿素中常含有少量的縮二脲成分，對種子和幼苗有毒害作用。另外，含氮量高的尿素分子透入種子的蛋白質分子中，能使蛋白質變性，影響種子發芽。
其次是強堿性的肥料。窯灰鉀肥、鋼渣磷肥等強堿性肥料也不宜作種肥。窯灰鉀肥吸濕性強，吸水后會放出大量熱量，易燒壞種子和幼根。一定要作種肥時，必須與有機肥混合，施入播種溝穴內，再播種覆土。
第三是含有害離子的肥料。氯化鉀、氯化銨等化肥含有氯離子，施入土壤后會產生水溶性氯化物，對種子發芽和幼苗生長不利。硝酸銨、硝酸鉀等肥料所含的硝酸根離子，對種子發芽也有影響。
第四是具有腐蝕性的肥料。碳酸氫銨、氨水具有揮發性和腐蝕性，易熏傷種子和幼苗，過磷酸鈣含有游離態的硫酸和磷酸，會對種子發芽和幼苗生長造成傷害，一般不宜做種肥。可將這類肥料施在播種溝之下或與種子相隔一定的土層，或將過磷酸鈣與土雜肥混合施用。