化肥和有機肥混合使用后能提高肥效，但有些化肥和有機肥是不能混合使用的，使用不當反而降低肥效。
可以與有機肥混合的：鈣鎂磷肥、磷礦粉與廄肥、堆肥混合，由于堆肥發酵產生各種有機酸，可以促使鈣鎂磷肥中的磷溶解，因而可以提高磷肥效果；過磷酸鈣與廄肥、堆肥混合施用，還可以減少磷的固定；泥炭等有機肥與草木灰、鋼渣磷肥等堿性肥混合后，可以相互中和并相互提高肥效；人糞尿中混以少量過磷酸鈣，可形成磷酸二氫銨，減少氨的揮發損失。
不宜和有機肥混合的：含硝態氮的化學肥料與未腐熟的堆肥、廄肥或新鮮秸稈堆制，由于反硝化作用，易引起氮素損失；新鮮秸稈類肥料與化學氮肥混合施用，會因微生物的大量繁殖，其中氮大都已轉化成銨態氮，不宜再與堿性肥料混合，否則會使氮揮發損失。