棚室土壤鹽害日益嚴重，有必要采取施肥措施進行調整。增施有機肥和生物肥。棚室蔬菜施肥時，應增加有機肥的施用量，并施用一定量的生物肥，結合深翻土地，改良土壤結構，以切斷土壤毛細管，防止表層土壤的鹽類積累。深翻土地，還有利于改善土壤通透性，活化土壤，提高地溫，加速有機肥的轉化吸收利用，提高生物肥的活性，有利于蔬菜作物側根伸展，增加根系吸收養分和水分的能力，提高自身的抗鹽力。有機肥必須經過3-4個月的堆放并充分腐熟后，才能在棚室中使用。
合理施用化學肥料。避免在棚室中使用同一種化肥，單一施肥是土壤鹽分升高的主要原因之一。應盡量少用或不用硫化物和氯化物，可選用尿素、硝酸銨、磷酸銨、高效復合肥和粒狀肥料，特別注意一次施用量不可過多。基肥采取有機肥全面鋪施，化肥在定植時溝施或穴施，避免表施，應施在12-15厘米深度以下，追肥可用化肥和有機肥交替使用。施肥時要看天、看地、看苗進行，追肥或沖施，不少菜農施足底肥后，在生長期追肥或沖施肥時，缺乏科學態度，比如大雨過后或連續陰天，應該追肥，疏松土壤，促進根系下扎；如果連續晴天，地質干燥，又進入結果期，沖施吸收快、養分全、適合施用生根壯苗的腐殖酸或氨基酸肥料進行沖施，而苗期以壯苗為主，應盡量少施或不沖施肥，以減少地表鹽分。