山藥的整個生長過程都喜有機肥。有機肥在追施前都要經過充分發酵，不然就容易傳播病蟲草害，未腐熟的有機肥施到田間后再進行發酵，會傷害作物的根系，同時，施用有機肥需考慮土壤性質問題，馬糞、羊糞等比較粗松，有機質含量多，易發酵分解，這種肥料宜施于低溫或黏性土壤中。牛糞、豬糞等有機質含量少，組織細密，水分多，發酵分解慢，效力也遲緩，宜施于砂質或砂壤質土壤中。這樣施肥既可發揮肥效，又可改善土壤質地。
鋪施有機肥不僅可持續提供營養，而且有降低土溫，保持墑情，穩定土壤透氣，防除雜草之功效。切忌在山藥溝內邊填土邊施有機肥。
在漚制發酵有機肥的同時，摻入磷肥，一般每667平方米用過磷酸鈣50-60千克。
鋪施有機肥應特別注意不要有糞塊，必須把有機肥搗碎砸細，以防塊莖碰到糞塊，引起分杈甚至脫水壞死。
山藥生長前期施氮肥，以利于莖葉生長，一般在苗出齊或移植成活后施一次稀糞尿，以后每隔20-30天施一次50％的人糞尿；或追氮肥。發棵期追1-2次，每次每667平方米施15千克尿素。植株現蕾時應重施肥一次，可用較濃的人糞尿適當加餅肥；或每667平方米追氮、磷、鉀復合肥40-50千克，以塊莖伸長與膨大有充足的營養。9月上旬應再施一次肥，9月中旬以后不再施肥。