無公害農產品生產過程中，必須按照優化配方施肥技術，以有機肥為主，以保持或增加肥力及土壤物活性為目的。所有肥料，尤其是富含氮的肥料，不應對環境和作物（營養、食味、品質和植物抗性）產生不良后果。允許使用的肥料種類：
1、有機肥：堆肥、漚肥、廄肥、沼氣肥、綠肥、作物秸稈、餅肥。
2、無機肥：礦物氮肥、礦物鉀肥和礦物磷肥（磷礦粉）、石灰石；按土肥、農技部門指導的優化配方施肥技術方案配制的氮肥（包括碳銨、硫銨）、磷肥（包括磷酸二銨、磷酸一銨、過磷酸鈣、鈣鎂磷肥）、鉀肥和其它符合要求的無機復合肥。
微量元素肥料：以銅、鋅、鐵、錳、硼、鉬等微量元素及有益元素為主配制的肥料。
中量元素肥料：以鈣、鎂、硫、硅等中量元素為主配制的肥料。
3、微生物肥料：植物生長輔助肥料，用天然有機提取液或接種有益菌類的發酵液，添加一些腐殖酸、藻酸、氨基酸、維生素、糖等配制的肥料（包括活性四維肥、土壤活性劑及根瘤菌、固氮菌、磷細菌、硅酸鹽細菌等復合微生物肥料）。
4、復合肥料：以上述肥料中的兩種或兩種以上，按科學配方配制而成的有機和無機復合肥料。