家畜農家肥是有機肥生產的原材料，但如果未經充分發酵或腐熟而直接施用到作物上，則存在很大的害處：
1、傳染病蟲害
家畜農家肥中含有大腸桿菌、線蟲等病菌和害蟲，直接使用會導致病蟲害的傳播，作物發病，對食用農產品的人體健康也產生影響；未腐熟的雞糞在土壤中發酵時，容易滋生病菌與蟲害的發生。
2、發酵燒苗
發酵不充分的家畜農家肥施到地里后，當發酵條件具備時，便開始發酵，若發酵部位根部較近，且作物植株較小，發酵產生的熱量會影響作物生長，嚴重時導致植株死亡。
3、酸化果園土壤
家畜農家肥是強酸性肥料（PH值為3.6~4.7），因此在果園里施用酸性家畜農家肥無異于“雪上加霜”，造成果樹爛根、黑根、黃葉、樹勢早衰、黃化病，嚴重時導致柑橘植株死亡。
4、毒氣危害
在分解過程中產生甲烷、氨等有害氣體，使土壤和作物產生酸害和根系損傷，更重要的是產生的乙烯氣體有抑制根系生長的作用，也是燒根的主要原因。
5、土壤缺氧
有機質在分解過程中消耗土壤中的氧氣，使土壤暫時性的處于缺氧狀態，會使作物生長受到抑制。
6、肥效緩慢
未發酵腐熟的家畜農家肥中，養分多為有機態或緩效態，不能被作物直接吸收利用，只有分解轉化成態，才能被作物吸收利用。所以未發酵直接施用使肥效減慢。
7、重金屬超標
家畜農家肥中含有很高量的銅、汞、鉻、鎘、鉛、砷等重金屬，還有較多的激素殘留，造成農產品重金屬超標，給食品、農業產業的可持續發展埋下隱患。
8、利用不便、效率低
未經處理的家畜農家肥，不易運輸，體積大，有效成分低，使用成本高。有機物向腐殖質轉化的時間較長，養分流失嚴重。
9、氯化鈉（食鹽）超標
據統計每立方米的家畜農家肥就含有5公斤的氯化鈉（食鹽），如果一畝地的氯化鈉含量超過10公斤，作物將極難生長。