微生物肥料是生物活性肥料，施用方法比化肥、有機肥嚴格，有特定的施用要求，使用時要注意施用條件，嚴格按照產品使用說明書操作，否則難以獲得良好的施用效果。施用時應注意以下幾點：
1. 微生物肥料對土壤條件要求比較嚴格，施入到土壤后，需要一個適應、生長、供養、繁殖的過程，一般15天后可以發揮作用，見到效果，而且長期均衡地供給作物營養。
2. 微生物肥料適宜施用的時間是清晨和傍晚或無雨陰天，這樣可以避免陽光中的紫外線將微生物殺死。
3. 微生物肥料應避免高溫干旱條件下使用。施用微生物肥料時要注意溫、濕度的變化，在高溫干旱條件下，微生物生存和繁殖會受到影響，不能充分發揮其作用。要結合蓋土澆水等措施，避免微生物肥料受陽光直射或因水分不足而難以發揮作用。
4. 微生物肥料不能長期泡在水中，在水田里施用應干濕灌溉，促進生物菌活動。以好氣性微生物為主的產品，則盡量不要用在水田。嚴重干旱的土壤會影響微生物的生長繁殖，微生物肥料適合的土壤含水量為50%-70%。
5. 微生物肥料可以單獨施用，也可以與其他肥料混合施用。但微生物肥料應避免與未腐熟的農家肥混用。與未腐熟的有機肥混用，會因高溫殺死微生物，影響肥效。同時也要注意避免與過酸過堿的肥料混合使用。
6. 微生物肥料應避免與農藥同時使用。化學農藥都會不同程度地抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。不能用拌過殺蟲劑、殺菌劑的工具裝微生物肥料。微生物肥料不宜久放，拆包后要及時施用，一次用完，包裝袋打開后，其他菌就可能侵入，使微生物菌群發生改變，影響其使用效果。
7. 避免盲目施用微生物肥料。微生物肥料主要是提供有益的微生物群落，而不是提供礦質營養養分，微生物肥料不可能完全代替化肥。任何一種類型的微生物肥料，都有其適用的土壤條件、作物種類、耕作方式、施用方法、施用量等，只有掌握了這些技術，才能取得的增產效果。
8. 注意微生物肥料效果的影響因素。微生物肥料肥效的發揮既受其自身因素的影響，如肥料中所含有效菌數、活性大小等質量因素；又受到外界其他因子的制約，如土壤水分、有機質、pH值等影響，因此微生物肥料從選擇到應用都應注意合理性。