玉米秸稈還田，可增加土壤有機質含量、改善土壤理化性質和團粒結構，已成為當今各地培肥地力的一條十分重要的增產穩產措施。但若配套技術做不到位，將會導致小麥苗黃、苗弱、病害加重及缺苗斷壟等不良現象發生。
防止苗黃苗弱
玉米秸稈還田后，秸稈中的養分不能直接被作物吸收利用，必須經過微生物的分解。適宜土壤微生物活動的碳氮比為25∶1至30∶1，而玉米秸稈的碳氮比為80∶1至100∶1，如果土壤中氮素不足，就會導致微生物和小麥爭氮，小麥從而因缺氮出現苗黃、苗弱現象。因此秸稈還田的小麥基肥要增施氮肥。可在小麥正常施肥的基礎上，增施尿素5~7.5公斤，以滿足小麥及微生物對養分的需求，并加快秸稈分解腐爛。
防止病蟲危害
玉米秸稈上往往帶有大量病菌和蟲卵，在秸稈直接粉碎過程中無法將其殺死，還田后留在土壤里，農田病蟲害特別是地下害蟲有逐年加重的趨勢，危害小麥正常生長。在小麥播種期要“防重于治”做好種子藥劑處理與麥田病蟲害綜合防控。選購包衣種子，或者進行藥劑拌種。應先拌殺蟲劑，堆悶后再拌殺菌劑，晾干后即可播種，已拌殺菌劑的種子不可久置。地下害蟲嚴重發生區，還應采用藥劑土壤處理。
防止缺苗斷壟
大量玉米秸稈還田，使土壤變得疏松和空隙增大，失墑較快，種子與土壤難以緊密接觸，影響種子發芽出苗，田間出苗常不整齊，容易出現缺苗斷壟現象。一要在提高秸稈還田質量的前提下，堅持秸稈還田必須深翻、旋耕麥田必須鎮壓。二要秸稈還田后播種小麥，播量應在正常基礎上適當增加0.5~2公斤，播種時隨播種隨鎮壓，使種子與土壤緊密接觸，以充足的基本苗。三要足墑還田，“寧可適當晚播，也要造足底墑”，做到足墑下種，確保一播全苗。播后墑情不足時，也可及時澆蒙頭水。及時查苗補苗。冬水宜早，水量要小，以沉實土壤。澆水后還應及時中耕劃鋤破除板結。