我們每個人都想要提高化肥利用率。但是近幾年來隨著化肥的大量使用，其利用率不斷降低已是眾所周知的事實。這說明，僅靠大量增施化肥來提高作物產(chǎn)量是有限的，更何況還有污染環(huán)境等一系列的問題。為此各國科學家一直在 努力探索提高化肥利用率達到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途徑。微生物肥料在解決這方面問題 上有獨到的作用。所以，根據(jù)我國作物種類和和土壤條件，采用微生物肥料與化肥配合施用，既能 增產(chǎn)，又減少了化肥使用量，降低成本，同時還能改善土壤及作物品質(zhì)，減少污染。
在綠色食品生產(chǎn)中 的作用隨著人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對生活質(zhì)量提高的要求，國內(nèi)外都在積極發(fā)展綠色農(nóng) 業(yè)（生態(tài)有機農(nóng)業(yè)）來生產(chǎn)、無公害的綠色食品。生產(chǎn)綠色食品過程中要求不用或盡量少用（或限 量使用）化學肥料、化學農(nóng)藥和其它化學物質(zhì)。它要求肥料必須首先保護和促進施用對象生長和提高品 質(zhì)：其次不造成施用對象產(chǎn)生和積累有害物質(zhì)；三是對生態(tài)環(huán)境無不良影響。微生物肥料基本符合以上 三原則。近年來，我國已用具有特殊功能的菌種制成多種微生物肥料，不但能緩和或減少農(nóng)產(chǎn)品污染， 而且能夠改善農(nóng)產(chǎn)品的品質(zhì)。微生物肥料在環(huán)保中的作用利用微生物的特定功能分解發(fā)酵城市生活垃圾 及農(nóng)牧業(yè)廢棄物而制成微生物肥料是一條經(jīng)濟可行的有效途徑。目前已應(yīng)用的主要是兩種方法，一是將 大量的城市生活垃圾作原料經(jīng)處理由工廠直接加工成微生物有機復(fù)合肥料；二是工廠生產(chǎn)特制微生物肥 料（菌種劑）供應(yīng)于堆肥廠（場），再對各種農(nóng)牧業(yè)物料進行堆制，以加快其發(fā)酵過程，縮短堆肥的周 期，同時還提高堆肥質(zhì)量及成熟度。另外還有將微生物肥料作為土壤凈化劑使用。