微生物菌肥使用方法
一、育苗時開始使用效果
提前一天，浸種十五分鐘至半個小時，然后陰涼處晾干，提前一二天，均勻混拌育苗基質，略蘸小水澆灑，讓菌劑提前定植繁殖生長。覆蓋薄膜，以免雜菌混入。
育苗用菌建議同時使用芽孢桿菌類的復合菌劑和木霉菌劑：復合菌劑5克+木霉菌2克/穴盤。
二、定植穴施或溝施
穴施為佳，均勻混拌麥麩、碎磨稻糠、豆粕等有機質，若少量添加玉米粉、黃豆粉尤佳（為避免豆粕等有機質燒苗，盡量使用腐熟過的，并添加曬干的泥土）。施入后及時覆土。
微生物菌劑：蔬菜畝用量2-3公斤，葡萄每株用量50-100克。
三、混拌底肥、有機質旋耕進土下
若次使用微生物菌肥，建議加倍用量，旋耕下底肥時使用。
四、作物生長期
灌根和噴葉，若作物發生早衰現象，可用菌劑灌根。（不過中后期灌根，浪費多，作用差）
使用時需避免
一、避免開袋后長期不用
開袋后，其他細菌就可能侵入袋內，使微生物菌群發生改變，影響其使用效果。
二、避免在高溫干旱條件下使用
在高溫干旱條件下使用微生物肥料，微生物菌的生存和繁殖會受到影響，不能發揮良好的作用。
三、避免與未腐熟的農家肥混用
與未腐熟的農家肥混用，會因高溫殺死微生物，影響微生物肥料的發揮，同時也要注意避免與過酸過堿的肥料混合使用。
四、避免與農藥同時使用
化學農藥都會不同程度地抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。
五、避免在陽光直射下使用
紫外線（波長240-280nm）對微生物菌有較強的殺菌作用，尤其是波長253.7nm殺菌作用強，一般紫外線幾秒鐘就可達到殺菌效果。
使用常見誤區
1、為圖方便，習慣與化學農藥混用，降低活性
微生物肥料種含有活菌成分，將微生物肥料與殺細菌藥劑混合使用且長時間放置，極易影響菌的活性，造成部分菌死亡。
2、貪圖省錢，輕視使用量，用量不足，效果打折扣
使用微生物肥料能取得好的效果，前提是要用足量。土壤中的微生物種類繁多，數量巨大，接種的外來有益菌要形株成優勢菌群，需要經歷來自環境的考驗和土壤原有微生物的競爭，為了促進有益菌的繁殖需要人為創造有利于有益菌生長的條件，如改良酸化土壤，調整土壤酸堿度，增施有機肥，提高土壤物理肥力，增加微生物菌的數量等。
3、使用方法和時間掌握不當
微生物肥料使用方式靈活多樣，液體菌劑可以用來拌種、浸種、噴施、蘸根、灌根；固體菌劑可以用來拌種、蘸根、混播、混施，不同的使用方式對效果有一定的影響，應避免在土壤表層撒施、高溫強光下噴霧，做底肥、溝施、穴施、灌跟使用時采用局部用肥的方法會有利于肥效的發揮，與未腐熟的畜禽糞混合使用時，腐熟過程中的高溫對菌劑活性和數量會產生影響，建議將畜禽糞腐熟后再混用。為了更好的發揮微生物肥料的效果，避免單一的方式的使用，建議根據菌種的特性將以上方法組合使用。