改善土壤質量，提升土壤持續生產能力。綠肥作物深根吸鈣和生長穿插等作用，可改善土壤通透性，降低容重，促進土壤水穩性團粒結構的形成，改善土壤理化性狀，使土壤形成保水、保肥的良好結構。綠肥能提供大量的有機質，改善土壤微生物性狀，從而改善土壤質量。
綠肥能有效改善生態環境，提高肥料利用率。綠肥作物可以固定大量空氣中的CO2種植、利用綠肥后，可減施氮肥至少150kg/hm2，使氮肥利用率提高至40%~50%，可減少向水體流失氮肥45kg/hm2.種植利用0.15億hm2綠肥，我國每年估計可減少流入水體的氮肥相當于67.5萬t尿素。
改善農產品品質。綠肥是的清潔有機肥料，可以避免畜禽糞便等有機肥中重金屬、和激素等物質殘留對農產品構成的威脅，提高作物產量和品質。