復合水溶肥生產成本一般要高于等養分的常規復合肥，要求各種原料都是全水溶性的，因此材料比較貴些。液體水溶肥的生產環節雖然少于常規復合肥，但其儲存、運輸和施用都需要專門化的設備，成 本也較高。例如，為了防止低溫季節溶液冷卻時可能產生結晶與沉淀，液體肥貯存和運輸需要先進的、費用高的設備。所以水溶肥價格普遍要高于等養分大化肥產品。
在農田應用上，這類肥料的施用途徑與大化肥不盡相同，一般都是與灌水相結合，通過不同灌溉方式將肥料和灌溉水一體化施到根圍土壤或作物葉面。根據灌水方式的不同，施肥又可分為沖施肥、噴施 肥、滴灌肥等。固態水溶肥的施用，先溶解并配成混合溶液，再進行灌施或噴施。液體水溶肥需裝備有管道、貯罐、施肥機等配套設備，肥料很易溶入灌溉水中，既可噴灌和滴灌，也可兌水稀釋后直接 作葉面肥噴施。
水溶肥的優點：其一，采用水、肥同施，以水帶肥，實現了水肥一體化，施肥效率高，并可以減少施肥總量，發揮肥水協同效應，使肥和水的利用效率都明顯提高。其二，肥效快，可解決高產作物快速 生長期的營養需求。
水溶肥的缺點：其一，水溶肥料價格普遍較高，不利于普及。其二，性強，難以在土壤中長期保存。用肥量要嚴格控制，如果單次使用稍多，就會造成肥料流失，既降低施肥的經濟效益，達不到高 產優質高效的目的，還會造成水環境的污染，不利于可持續發展。
在應用方面，水溶肥的施用關鍵要掌握適時適量水肥結合的原則，而目前業內對不同栽培制度下的灌溉施肥技術和主要作物生長過程中的營養需求規律，合適的施肥時期、施肥數量等研究都較少。從市 場營銷現狀看，有的企業為了促銷，將水溶肥產品性能和適用范圍盲目擴大或作片面宣傳，這對于消費者會起誤導作用。