結果檸檬樹的施肥原則是重施深施秋肥和采果肥，看樹補施花前肥和穗果肥，做到上半年輕，下半年重。2-3月春梢萌動時，進行第1次施肥，根據樹勢強弱，分別補施一些氮肥。弱材、花量多的樹適當多施；強材、花量少的樹少施或不施。氮肥用量占全年總量的10-15%，促春梢春花健壯生長。
第2次施肥在謝花后至果實膨大前，結合保果、治蟲，多次噴施0.3%尿素液，及時補充開花后樹體養分的損失，增加著果量。
第3次施肥在7-8月，正值秋梢抽發、果實膨大期。這次施肥量大，氮肥占全年用量的40%，磷、鉀肥各占50%，在每株滴水線處開施肥坑2個，深30-40厘米，以確保秋梢母枝健壯，春花分化良好。
第4次施肥在11月采果后、氣溫降低前，重施深施。在秋季施肥的另兩側深挖坑，施氮肥量占全年用量的40%，磷、鉀肥各占40%，以綠肥、渣肥等有機遲效肥為主。
施肥量根據每株樹近兩年產量確定，以每年株產30公斤計，應株施純氮0.3公斤、純磷0.2公斤、純鉀0.2公斤、折合施用尿素約0.6公斤、過磷酸鈣1.0公斤、氯化鉀0.5公斤。據試驗，對15年生檸檬大樹，每年施奶牛糞4次，每株150公斤，平均株產48公斤；每株施50O公斤，株產可達73公斤。
此外，當春花果遭受損失時，應立即增施肥，促進5、6月花結果，提高當年產量。