施肥是維持土壤肥力，滿足果樹生長發育所需營養元素的重要措施。番石榴一年多次開花結果，掛果期長、產量高，養分消耗大，因此，要注意加強施肥管理，以維持生長勢，改善地力。同時還要避免肥害，以免造成不必要的損失。
番石榴肥料之施用應以緩效性有機肥料為主，化學肥料為輔。有機肥料范圍很廣，包括植物質、動物質及動物排泄物等。有機肥料成分極為重要，常用的有米糠、蓖麻粕、菜籽粕、黃豆粉、花生粕、廢棄稻殼、甘蔗渣、廢棄菇類木屑、泥炭、動物性毛骨粉、牛糞、雞糞、豬糞尿、魚精、海藻精及蚵粉等。
使用市售袋裝腐熟完全的有機肥料，應注意有的堆肥中混入了尿素、硫酸銨、磷礦石粉或硅酸爐渣等其他物質，甚至有化學成分濃度高造成肥害的現象。黏質土壤有機質含量低者，建議使用纖維成分較高的有機質，因其碳氮比值較高，分解速度較緩慢，長期施用可逐年增加土壤有機質含量，以改善土壤理化性。以禽畜糞為主體的有機肥因氮、磷含量比較高，且所含銅、鋅等重金屬含量較高，不宜長期使用。
化學肥料便宜、純度高、施用方便，而有機肥料價格高、施用費工與費時，但有機肥料的體積大、分解慢、可增加土壤通氣性、增加保水性及改善土壤物理性結構、提高肥料有效性與根部活性，為保持土壤生產力，應設法維持或增加土壤有機質含量。而化學肥料施用簡單快，實際栽培上，要完全使用有機質，這種可能性并不大，可在經濟利益許可的情況下，合理使用化肥，并和有機肥料配合使用，以提高番石榴品質，增加農友收益。
各種有機肥其肥效不同，單使用某一種有機肥，其所含三要素比例不一定適合番石榴不同生育時期的需求，且各特定土壤肥力狀況不同，如果長期大量施用單一種有機質，極可能造成土壤中養分不平衡，而影響作物產量和品質，故應配合化學肥料施用，使適合不同生育時期之所需。