枸杞年生長期長，從3月中旬至11月上旬經歷花芽分化，枝葉生長，開花結果，根系生長等重要的過程，每個過程都要消耗大量的營養物質，再加上有些生理過程重疊進行。所以，所需要的養分多，需肥時間長，且沒有明顯的階段性，如果養分供應不足，使枝條生長短、細弱，花芽分化受到影響，每個芽眼的花少，果實自然隨之而少。
尤其是某階段缺肥嚴重，容易出現大量落花落果。養分供應不足，不僅會影響當年產量，還直接影響樹體養分積累和第二年生長結果。施肥就是要不斷增加土壤中的養分，為枸杞創造良好的生長環境條件，促進樹體旺盛生長，增強抵御病蟲的能力，使枸杞生長好、花多、果多、產量高、質量優。常見的施肥方法有施基肥和追肥兩種。
一、基肥施用技術
1.基肥以有機肥為主，化肥為輔。有機肥主要有羊糞、牛馬圈糞、油渣、豆餅和人尿糞等。有機肥不僅可以改良土壤、提高肥力，而且作用時間長。基肥的施用方法主要有環狀溝施、半環狀溝施和條狀溝施三種。
環狀溝施：在樹冠邊緣下方，挖深30厘米，寬40厘米的環狀施肥溝。
半環狀溝施：在樹冠邊緣下方，挖1/2-2/3圓周長的弧形施肥溝，溝深30厘米，寬40厘米，翌年溝的位置換到原溝的對面。
條狀溝施：在樹冠邊緣兩側各挖一條施肥溝，溝的深度和寬度同上，來年溝的位置換到另外兩側。
2.基肥以秋施為好，枸杞老產區都有10月份施基肥的習慣。秋施基肥的好處是：
①此時枸杞樹地上部已開始落葉，逐步進入休眠，挖斷了的根系對樹體影響不大；
②秋施有機肥比春施腐熟早，有利根系早日吸收；
③若能施入部分肥，則可在當年吸收，有利樹體內養分積累，提高樹體內營養水平，增強抗寒能力，對翌年生長結果都很有利。如果秋施基肥來不及，則應在翌年春季早施，同時配合一部分肥，以便早日發揮肥效作用。
二、追肥施用技術
追肥是在枸杞生長結果期間增施肥，以彌補基肥的不足。它以化肥為主，腐熟的人糞尿為輔。對于化肥，其中氮肥有尿素、硫酸銨、硝酸銨、和碳酸氫銨等；磷肥有過磷酸鈣、磷酸銨、磷酸二氫鉀等；鉀肥有硫酸鉀、氯化鉀等。另外還有氮磷鉀等多元復合肥，是一種很好的枸杞用肥。