棉花在生長過程中不同時期需要的肥料是不一樣的，棉花需要的基肥肥料以有機肥為主，一般為土雜肥、廄肥、堆肥、綠肥、河泥和草塘泥等遲效肥料。它們的養分含量和當年棉株對它們的吸收利用率均不相同，當年吸收利用率一般占基肥養分總量的30%左右，因此用作基肥施用量必須多一些。用作棉田基肥的農家肥種類繁多，肥效高低不一，黃河流域棉區棉田多用堆肥或土雜廄肥作基肥。
由于基肥肥效較低，一般棉田每公頃施用量30000千克以上，黃河流域棉區一熟棉田冬耕前將肥料撒施在地里，或開溝集中施用，然后翻耕入土，以利肥料腐熟分解。如果肥料不足，冬耕時未能施入，就要在春季盡量早施早耕。麥棉兩熟套種棉田，以在麥類拔節前施用基肥較好，因為這時麥苗還小，在行間可以用犁深開溝，既可施肥質量，又不會損傷麥苗和麥根。