水稻種植離不開養分的供給，養分的供給主要來源于化肥。雜交水稻施肥的確與其他農作物施肥不同，從總體上說，應該是有機肥、磷肥作基肥，鉀肥主要作分蘗肥，氮肥采用多次勻施，特別注意施好壯苞、壯籽肥。具體應注意以下幾點：
（1）基肥的施法。據測定，雜交水稻總吸肥量中50%-60%的氮素和70%的磷、鉀來自土壤，施肥不足就會過多消耗土壤潛在養分而降低地力，增施有機肥是維護和提高地力的重要途徑。使有機肥施用量占全期施肥量的40%。
（2）適量早施分蘗肥。由于雜交水稻根系活力強，插后新根發生較快，一般早稻在插后5天，晚稻在插后3天，即可追施尿素等促進分蘗，分蘗肥宜分次施用，第 一次每畝施尿素6-7.5千克；隔7天左右，根據苗情，對生長差的田塊，補施第二次蘗肥，畝施尿素4千克以內。對施有機肥少和缺鉀肥的田塊，每畝追施5-7.5千克鉀肥。
（3）看苗施用穗肥。穗肥因施用時期和作用不同，可分為促花肥和保花肥。凡是前期施肥適當、禾苗長勢平衡的，一般應以保花增粒為重點，只施保花肥而且施用量不宜過多，一般每畝施用尿素2.5千克左右。如果前期施肥不足，群體苗數偏少，個體長勢效差，那么促花肥與保花肥都可施用，每次每畝可施用尿素5千克。雜交水稻對鉀肥需求量大，曬田復水后結合追施氮肥，每畝追施2.5千克左右鉀肥，增產效果顯著。
（4）看苗施用粒肥和葉面追肥在始穗前。禾苗葉色過淡的，每畝撒施尿素2-2.5千克；齊穗后過早落黃的田，每畝施尿素2.5-3千克；生長正常的雜交稻，只宜用500-750千克尿素兌水50千克噴霧作粒肥。由于雜交稻后期對磷鉀的吸收量較高，因此后期施葉面肥有良好的增產作用。在始穗前4-6天或齊穗后2-3天，用磷酸二氫鉀150-200千克兌水50千克對生長差的禾苗噴施，有增強植株抵抗高溫或低溫的能力。