根瘤菌接種劑能大量減少氮肥的使用量，改善農產品品質，使農產品達到AA級綠色食品要求；有效提高農作物的產量；無任何不良副作用，不構成重金屬污染；施用成本只有化肥的十分之一。根瘤菌劑還具有培肥地力、改良土壤結構、肥地養地之功能，所以根瘤菌接種技術在豆科作物種植中的作用是其他任何技術措施無法替代的，具有十分重要的地位。
同樣，中微量元素肥料在作物生產上的應用也日益廣泛，其增產優質的效果也獲得了廣大農民的認可。那么如何正確高效地綜合應用根瘤菌和大中微量元素肥料？
首先，根瘤菌作用的發揮是建立在作物擁有充足養分的前提下。雖然，根瘤菌能為作物提供氮營養，但豆科作物生長的早期，根瘤菌發揮作用之前，還應根據土壤肥力適量為作物補充氮肥。另外，當豆科植物轉入生殖階段后，大量的同化物質向籽實積累，此時根瘤衰敗，固氮作用減弱，因此施用適量氮，可提高豆科作物產量。
除此以外，磷對大豆根瘤生長發育和固氮的作用很重要，磷不僅促進根系生長，而且有利于根瘤的發育和提高根瘤的固氮能力。所以在豆科作物上，要重視施用磷肥，通過施磷肥促進固氮，可以達到“以磷增氮”的效果。
適量的鉀鈣營養有利于微生物的大量繁殖。土壤酸性是阻礙苜蓿根瘤菌與其宿主紫花苜蓿之間高效共生固氮的重要環境因子。低pH條件下加入Ca2+可以使苜蓿結瘤提前，結瘤率提高。因此，施用基肥時注意施用一定的量的鉀肥和富泰威鈣粉，補充鉀鈣營養，并能調節土壤pH環境。
鉬是根瘤菌合成固氮酶不可少的元素。早在上個世紀70年代就有試驗證明，鉬肥能加強根瘤菌的活性，促進根瘤的形成與生長，因此，推薦禾豐鉬與根瘤菌混合拌種，濃度在0.1%-0.05%即可滿足作物對鉬營養的需求。需要注意的是，任何鉬肥與根瘤菌混合拌種的濃度均不要超過0.3%，否則會對某些根瘤菌有抑制作用。
硼也是豆科作物需求量較大的養分。缺硼使根瘤結構受到嚴重破壞，并使固氮酶活性顯著下降。施硼可促進根瘤維管束的良好發育，根瘤生長旺盛，因此在播種時施入少量硼肥，對結瘤和固氮有明顯效果。可采用基施富泰威顆粒硼500-1000克/畝，或者在花前、結莢期葉噴禾豐硼1000倍溶液的方式補充硼營養。
另有研究表明，鐵營養會影響可見根瘤數、根瘤重以及固氮活性，因此豆科植物生產上應施用鐵肥。鐵在土壤中容易被固定，噴施硫酸亞鐵又容易在空氣中被氧化，因此可以在噴施時加入高效助劑如展透，鐵吸收效率能有效提高。另外噴施EDTA-Fe，如禾豐鐵2000-3000倍溶液，這樣可避免亞鐵離子被氧化，植物不能吸收。
綜上可知，合理應用中微量元素營養均可促進根瘤菌的固氮作用。