由于種植黃花菜的效益較好，受益時間較長，種植的農戶越來越多，面積逐漸擴大；但是，同樣種植黃花菜，產量卻相差很大，這除了品種選擇等因素外，施肥水平不同也是其中重要的原因。應根據新植苗、老齡苗和常規苗的不同，采用不同的施肥方法。
區別苗齡，分期施肥：一是新植苗可先開好種植穴，穴寬30－50厘米，深20－25厘米，在穴內施足基肥；二是種植15年以上的老齡苗，由于植株衰老，花莛細瘦，蕾少蕾小，需要更新，挖出老弱苗后補施有機肥；三是常規苗要施好春苗肥、催苔肥和秋發肥。
科學配方，平衡施肥：為使黃花菜生長茁壯，預防病害入侵，必須講究科學配方，平衡施肥。一是用腐熟的有機肥如人糞尿、欄糞、堆肥；二是精制活性有機復合肥，如惠滿豐、地樂丹等；三是高能有機復合肥；四是無機氮磷鉀肥。前三種肥料以作基肥和春苗肥為主；同時配施無機化肥。
中耕疏土，以水調水：黃花菜的穩定收期長達15年以上，每當采收以后或者大雨沖刷之后，行間容易板結，特別是土質比較貧瘠的地更易板結，影響黃花對肥水的吸收。因此，在黃花生育期間，要勤于中耕松土，出苗到花莛伸前，應淺鋤3到4次，花蕾采摘結束后要深中耕，用以創造疏松環境，提高保肥保水能力；二要結合中耕施肥，減少肥料流失；三要在遇到干旱時，及時澆水，做到以水調肥，提高供肥能力。
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