菌肥在蔬菜生產中應用越來越廣泛，特別是對于5年以上的老棚，菌肥更能發揮其增產抗病的優勢，成了很多菜農獲取更高棚室效益的法寶。它是以微生物的生命活動及產物來改善作物抗病、抗逆能力，提高作物產量、改善作物品質的。
目前菌肥主要是用于抑制土傳病害，預防蔬菜死棵而被菜農施用的，其實它還有其它的作用，如提高蔬菜產量、改善蔬菜品質等，對棚室蔬菜生產的意義很大。連續2年的棚室黃瓜生產，白學亮施用了金滿田生物菌肥和美國三帝BBB生物有機肥，獲得了很高的效益。今年冬茬黃瓜種植在即，白學亮又開始考慮菌肥的使用問題了。他說：“今年我準備使用大源一號落地生根抗死棵。”
能增強蔬菜抗病、抗逆能力。大棚蔬菜連年種植、連作種植，棚內病源菌增多，病害加重，特別是土傳病害更是讓很多菜農朋友束手無策。而增施生物菌肥的目的之一就是通過以菌抑菌的方法，增加土壤中有益菌的數量，抑制有害菌的發生和繁衍。
能提高肥料利用率。菌肥首先是一種肥料，自身含有一定數量的營養元素，可被作物吸收利用；其次它還能固定空氣中的氮，釋放土壤中固定態的磷、鉀供作物吸收利用，實現長效與相結合均衡供應作物所需養分的作用，從而起到了不早衰、提高產量的效果。
能改善蔬菜品質。隨著蔬菜種植面積的不斷擴大，人們對蔬菜品質的要求越來越高，如何提高精品果（瓜）率備受種植戶關注，而菌肥就具有提高品質的作用。菌肥施入土壤后，在土壤中產生的代謝產物能刺激果實的生長，促進果實的發育，從而達到提高品質的效果。
菌肥的作用雖大，但是菌肥在施入土壤后大量繁殖形成強大的有益菌群才能發揮其效果，因此需要早施。一般情況下在定植前溝施或穴施即可，每畝用量80-120公斤為宜。并且在使用菌肥時，還要注意不要與殺菌劑一起施用，如施用落地生根抗死棵時不能與銅制劑或鏈霉素等殺細菌的藥劑一起使用，以防殺菌劑將菌肥中的活菌殺死。