通常在冬天如果我們施用生物菌肥可以使土壤中被固定的營養元素快速的活化，還對根系生長極其的有利，但是我們千萬的不可盲目使用菌肥，施用菌肥我們應該需要按照不同的棚室里德土壤等多種環境來決定。
首先需要根據土壤的濕度。如果土壤里的含水量太大或者不足就會降低生物菌肥的施用效果。由于生物菌肥里面的生物菌大多是品質優良的氧菌，當土壤濕度適中時他們的生命力是活躍的。因此，在我們施用生物菌肥之后必須需要合理科學的澆水，其中我們應在晴天的上午澆少量的水，這樣做不但可以提高土壤溫度，而且還可以通過放風排度。需要注意在我們澆水之后要進行劃鋤，這樣不僅可以提高土壤的通透性，而且還將會對生物菌肥的效果有效的發揮。
其次注意土壤的溫度。根據有關方面調查，生物菌肥里的生物菌通常在土壤溫度在18℃-25℃時生命力為活躍，在15℃以下時開始降低生命活動了，一旦溫度在10℃以下時生物菌肥的活動能力變得極其的微弱，甚至將會處于休眠的狀態。所以在冬季當大棚蔬菜施用菌肥后，一定要控制好地溫。我們只需使棚內的溫度適中，以此來使氣溫升。一般情況下，在白天大棚內的溫度應保持在25℃-30℃左右，到了夜間棚內溫度將會將低，為了防止地面溫度散失，維持地溫的恒定，不算采取地膜覆蓋之外，還可以在操作行內覆蓋作物秸稈。
是掌控好土壤的酸堿度。根據資料表明：如果土壤是偏酸的或者偏堿性都將對生物菌的生長繁殖極其的不利。在土壤的PH值6.5-7.5之間時適宜繁殖生物菌，農戶需要根據土壤情況進行改善。