、有機肥配合生物菌的使用
在栽培蔬菜的過程中，使用有機肥不但可以為蔬菜提供所需求的各種營養元素，與此同時還可以讓土壤一直保持肥沃，這樣我們能夠在同一塊田地上連續許多多栽培蔬菜。有機肥雖然好，但是若是沒有生物菌的幫助，就會造成蔬菜的燒根、熏苗等危害。因此，在應用有機肥的時通常是是需要和生物菌配合使用。通常作為底肥的糞肥，在使用的時候需經過生物菌進行發酵腐熟，在應用到蔬菜上時才可以確保足夠的。
第二、甲殼素配合生物菌的使用
在養護植株根系、增強蔬菜作物抗病害能力方面，一直以來甲殼素都是菜農使用的重點。這是由于甲殼素包含幾丁質以及糖類物質可以讓作物能夠健壯生長，抗性會更強。
而生物菌也在不斷改善土壤、促進植株根系生長等方面具有許多的優勢。在生物菌含有固氮菌、解磷解鉀菌、放線菌、芽胞桿菌、毛殼菌、乳酸菌、光合細菌等。特別是放線菌，能夠產生許多種，控制病原菌的生長繁殖。而甲殼素正好對放線菌的具有的增殖效果。在使用甲殼素灌根之后，土壤中的自生固氮細菌、纖維分解細菌、乳酸細菌比對照提高了6到10倍，放線菌更加顯著，增長了大約30倍之多，而經常見的霉菌以及其它絲狀真菌的數量會明顯減少。
第三、化學肥料配合生物菌使用
化學肥料配合生物菌使用，一是能夠利用生物菌達到活化土壤、控制植株健康生長、促進土壤里的營養元素吸收利用的作用，降低礦質營養成分在土壤中的殘留，其次是化學肥料能夠滿足生物菌在調節以及促進作物在生長過程中對于礦質元素的要求。