水稻黑穗病又稱為稻粒黑粉病，在雜交稻制種田危害較為嚴重，一般病粒率為10%-15%，嚴重地塊甚至高達25%-30%，影響雜交制種田的產量和質量。
癥狀識別。稻粒黑粉病發生在谷粒上，病菌只為害米質部分，使米粒變成黑色粉末。根據其外部癥狀，在田間可分為三種類型：一是病谷顏色不變，內外穎合縫處開裂，伸長出白色舌狀的米粒殘留物，開裂部位粘附著散出的黑色粉末；二是谷粒顏色不變，內外穎微微開裂，露出圓錐形黑色角狀物，破裂后散出黑色粉末，粘附在開裂部位；三是病粒變為暗綠色，不開裂，不飽滿，呈青秕狀，手捏有松軟感，好似其內部已經腐爛，若用水浸泡病粒，則顯黑色。極少數病谷僅局部被破壞，有的種胚尚完整，仍可能萌發。
發生與危害。據觀察，稻粒黑粉病主要在雜交稻區發生，尤以雜交稻制種田，特別是秋季制種田受害嚴重。其病原菌為真菌擔子菌綱腥黑粉菌屬，其厚粒孢子似球狀，深棕褐色，表面有齒狀突起，生命力很強，在貯存的雜交稻上可存活3年，對熱的抵抗力也強，經55℃溫水浸種10分鐘，其病菌厚垣孢子仍有生命力。病原菌以厚垣孢子在土壤和種子內外越冬，翌年在溫度適當時（20℃以上），萌發產生擔孢子，隨氣流傳播到正在開花灌漿的稻穗上萌發侵染，并在谷粒內繁殖，又形成厚垣孢子，使米粒變成黑粉。
稻粒黑粉病的發生與氣候條件、氮肥用量、作物換茬等有著密切的關系。雜交制種田母本抽穗揚花期，如遇多雨高濕天氣，有利于病菌侵入，尤其是在連續陰雨，溫度達25-30℃時，適于病菌孢子的萌動，較易感病。光照時間短，露水時間長的田塊，病害較重。
防治措施。1.病粒。據調查，在流通的商品雜交稻種子或雜交制種的親本種子中，一般有5%-10%的谷粒帶有稻粒黑粉病菌，是引起發病的主要菌源，因此必須。可選擇晴天曬種1-2天，或用風選、水選的方法除去病秕粒，留下健種。2.播種前把精選的稻種用清水預浸1-2天（以谷粒吸足水分而尚未露白冒芽為度），撈出稻種瀝干水后放入40%福爾馬林500倍液中浸泡48小時，再取出稻種用清水沖洗干凈后催芽、播種，以殺死粘附在健種表面的病菌孢子。3.制種田中后期田間管水要干濕交替，適時曬田，控制田間濕度，以遏制病菌孢子萌發侵染危害。4.不失時機抓好破口抽穗期的防治。搞好雜交制種田花期的藥劑防治，這是防治的重要一環。稻粒黑粉病在孕穗期和抽穗揚花期均能侵入，開始灌漿時不能侵入。因此，應抓住破口至抽穗揚花期用藥，重點在破口期用藥。選用的有效藥劑有：每畝有20%三唑酮（粉銹寧）乳油150克，或40%滅病威乳油150克、50%多菌靈可濕性粉劑150克，兌水50公斤，在破口始穗期和盛花期各噴1次藥，有較好的防治效果。噴霧在下午4時后進行，以免影響授粉。
另外，還可選用17.5%烯唑。多菌靈可濕性粉劑，每畝60-70克，或者每畝用30%苯甲。丙環唑乳油15-20毫升，兌水35-40千克，在破口前3-7天和始穗期各噴1次藥，均有較好的防治效果。