隨著人們環保意識的不斷提高，綠色食品和生態農業的發展，開始考慮減少化肥用量，復合微生物肥料正在一步步走向人們的視野。
但是使用方面有幾點要注意：
1.適用于追肥，以淋根的方式來施用，與化肥交替使用。使用時根據不同的作物和作物的不同時期定使用量，如：香蕉，根椐苗的大小，每株的施用量為0.5~2.5毫升，配水量可根據土壤的干濕程度來定，一般配水量為400~600倍；蠶桑，一次用量為每畝150~250毫升，配水90~120斤水，噴淋桑頭。
2.本品不能與殺菌劑、除草劑混用，并且前后必須要間隔7天以上施用；
3.在雨后或灌溉后施用，肥料用前要充分搖勻，現配現用；
4.保存時切忌進水，保存于陰涼干燥處，并不宜直接在地面存放。