沼氣肥是一種含氮、磷、鉀齊全的速緩兼備的有機肥料，含有較多的易揮發的氨態氮，如果施用方法不當，容易損失肥效，達不到應有的增產效果。下面介紹一下沼氣肥施用方面需要注意的要點：
，沼氣肥出池后不能立即施用，因為沼氣肥的還原性強，出池后立即施用，會與作物爭奪土壤中的氧氣，影響種子發芽和根系發育，導致作物葉發黃、凋萎。因此，沼氣肥出池后，一般先在儲糞池中存放5—7天后施用；沼渣與磷肥按10:1的比例混合堆漚5-7天后施用，效果更佳。
第二，沼氣肥兌水后才能施用。沼氣肥不兌水直接施在作物上，尤其是用來追施幼苗，會使作物出現灼熱現象。沼氣肥作追肥時，應根據沼氣肥料的質量和作物生長情況，摻水沖稀，進行施用，一般兌水量為沼液的一半。
第三，沼氣肥與化肥配合施用。氨水和碳酸氫銨是生產成本較低的氮素肥料，呈堿性，肥分易揮發損失。沼液與氨水、碳酸氫銨配合施用，能幫助化肥在土壤中溶解，吸附和刺激作物吸收養分，并提高化肥利用率。可在每50公斤沼液肥中加入0.5到1公斤碳酸氫銨或氨水施用。沼氣渣肥與過磷酸鈣混合施用，也能提高過磷酸鈣的肥效。但切記不可與草木灰、石灰等堿性肥料混施。草木灰、石灰等堿性較強，與沼氣肥混合，會造成氮肥的損失，降低肥效。
第四，沼氣肥施于旱地作物宜采用穴施、溝施，然后蓋土。施用于水田應在耖坯前均勻撒施田面，然后犁翻入底層。
第五，施用沼氣肥的量不能太多，一般要比施用普通豬糞肥少。若盲目大量施用，會導致作物徒長，行間蔭蔽，造成減產。