化學肥料與有機肥料配合施用的原因如下：
優質有機肥料大都含有大量的有機物質，常年施用優質有機肥料，不僅能增加土壤有機質的含量，并能使土壤有機質得到不斷地更新，從而使土壤的理化性質有所改善，因而有明顯的改土作用：而化學 肥料不含有機質，一般沒有直接的改土作用。這說明有機肥料是建設高產穩產農田的基礎物質。
有機肥料種類繁多，所含養分全面，人們常稱它為完全肥料，但是有機肥料的養分含量很低，大約1000公斤優質廄肥中只含有5公斤氮素；而化學肥料養分含量高，例如，100公斤尿素中就含有 46公斤的氮素，按1000公斤計算，含氮素460公斤，是廄肥的92倍。不過，化學肥料的缺點是它所含養分的種類比較單一。就拿尿素來說，它只含氮磷鉀三要素中的氮素，不含磷和鉀，而過磷酸鈣中只含 磷，不含氮和鉀，單獨施用不能滿足作物的需求。
有機肥料中的養分大多是有機態的，需要經過土壤微生物不斷的分解，才能轉變為作物可以吸收利用的養分，因而有機肥料的肥效緩慢，但持續時間長，并有后效；而大多數化學肥料中所含養分是 水溶性的，作物可以直接吸收利用。所以，化學肥料的肥效迅速，快，能在作物需要養分的時候提供較多的養分，但它的肥效短不能。由此可見，合理施用化肥是提高作物單產的物質。
有機肥料需要經過分解和轉化，才能釋放出養分供作物吸收，因此，有機肥料當季利用率不高。例如腐熟的有機肥料的氮素利用率只有20％～30％，但它分解時養分損失少，供肥時間長；而化學肥 料中的養分含量高，大部分是養分，易通過揮發、淋失等途徑而損失，從而導致當季肥料利用率不高。例如，氮肥利用率一般在35％左右，磷肥約10％～25％，鉀肥在40％以上。
通過兩者的比較，不難看出，有機肥料和化學肥料各有優缺點，而且有機肥料的某些優點，正是化學肥料的缺點，而化學肥料的某些優點正是有機肥料的缺點。因此，兩者配合施用就可以相互取長 補短，充分發揮各自的特點。這就是二者配合施用的必要性和科學道理。