番茄缺肥會有明顯的癥狀表現，番茄缺鈣，會導致臍腐病，該病始發于幼果臍部，為水浸狀暗褐色斑點，病斑逐漸擴大發展成下陷、革質、褐色或黑色壞死區域，潮濕時斑上腐生黑色霉狀物。堅硬的褐色區域可以擴展至果實內部，病果提早變紅，為典型的生理病害，各種品種都會染上此病。
番茄缺鈣采用良好的預防措施，科學均衡的施肥，除施足腐熟的有機肥做底肥外，還要用一定量的過磷酸鈣，以防土壤缺鈣；深耕土地，采用地膜覆蓋栽培，保持土壤水分相對穩定，減少土壤中鈣的流失；適時澆水，及時供應水分，嚴防忽干忽濕。開花結果期如遇高溫干旱要及時澆水，雨季注意雨后排水，確保根系正常生長；生長前期要穩施氮肥，避免營養生長過旺，在坐果期可葉面噴灑1%的過磷酸鈣浸出液或1%的氯化鈣液，每10天左右噴1次，或用美林高效鈣和其他鈣制品噴灑幼果，間隔5-7天噴1次，每穗果連噴2-3次。另外，在幼果期要及時摘除臍腐果，以減少植株體內的養分消耗，健果生長。
番茄缺鉀時期，葉脈會保持綠色，葉片卷曲，嚴重時沿葉緣發生灼傷，鉀不足降低了果實中酸的含量，引起果實內部褪色，即使土壤中鉀的含量不低，由于中后期根系吸收能力下降，鉀素供給不及時，果實發育和植株生長，當果實成熟時仍表現出缺鉀癥狀。當土壤中的鉀供應不足時，果實的發育就以損害葉片，通常當結3-4穗果后，老葉出現缺鉀，癥狀較為明顯，若番茄根系發達，則癥狀出現緩遲。