蔬菜滴灌施肥擔心的問題是過量灌溉。很多用戶總感覺滴灌出水少，心里不踏實，結果延長灌溉時間。延長灌溉時間的一個后果是浪費水，另一后果是把不被土壤吸附的養分淋洗到根層以下，浪費肥料。
蔬菜施肥時要注意氮的淋洗。通常水溶復合肥料中含尿素、硝態氮，這兩種氮源是容易被淋洗掉。過量灌溉常常表現出缺氮癥狀，葉片發黃，植物生長受阻。
蔬菜滴灌施肥需要注意兩個方面：
二是施肥后的洗管問題。
一般先滴水，等管道完全充滿水后開始施肥，蔬菜滴灌施肥原則上是施肥時間越長越好。施肥結束后要繼續滴半小時清水，將管道內殘留的肥液全部排出。許多用戶滴肥后不洗管，在滴頭處生長藻類及微生物，導致滴頭堵塞。準確的滴清水時間可以用電導率儀監控。