土壤次生鹽漬化是保護地蔬菜發展過程中出現的主要土壤障礙因子。一般使用年限在3年以上的蔬菜保護地，土壤表層的含鹽量均大于陸地土壤，大棚土壤的含鹽量在0.1%-0.38%，日光溫室土壤的含鹽量在0.15%-0.5%，蔬菜不同程度的受到危害。土壤發生次生鹽漬化后還表現為土壤結構破壞，土壤板結。
次生鹽漬化的發生原因
一是封閉的環境條件減弱了土壤水分的淋洗作用，在土壤中積累的鹽分不能被淋洗到地下水中去，而在土壤表層積累。另外還由于經常灌溉，土壤長期處于濕潤狀態，作物生長旺盛，土壤水分的蒸發量和作物的蒸騰量都很大，促進了鹽分向土壤表層積累。
二是過量施肥增加了土壤鹽分含量。在保護地蔬菜栽培條件下，施肥量常大于蔬菜需要量的1倍以上或更多，大量剩余肥料及其副成分在土壤中積累，使土壤溶液濃度升高。
三是地下水位高、灌溉水質差。濱海鹽堿土與內陸鹽堿土地區的共同特點是地下水位高，礦化度大，在這些地區，雖然有的地塊經過多年的改良和培肥，已成為鹽分含量較低的肥沃土壤，但是作為蔬菜保護地使用后，有可能很快出現鹽漬現象。
次生鹽漬化的防治措施
1.避免在鹽堿土地區發展蔬菜保護地生產。
2.實行測土（配方）施肥，減少土壤中的鹽分積累。
3.合理灌溉降低突然水分蒸發。漫灌和溝灌會加速土壤水分蒸發，易使土壤鹽分向土壤表層積聚。滴灌和滲灌是經濟的灌溉方式，也是防止土壤下層鹽分向土壤表層積聚的理想灌溉措施。
4.施用秸稈降低土壤鹽分含量。除豆科作物秸稈外，其它禾本科作物秸稈的碳氮比都較大，施入土壤后，再被微生物分解過程中，能夠同化土壤中的氮素，有效的降低土壤中可溶鹽濃度，達到改良土壤的目的。在土壤鹽漬化不太嚴重的土壤上每畝施用稻草300-500公斤，鹽漬化比較嚴重的可以提高到1000-1500公斤。施用時期安排在夏季拉秧后，先把稻草切成長度小于3厘米的碎秸，均勻翻入土壤耕層，15天以后即可定植。
5.深翻和輪作。在蔬菜收獲后，通過深翻使表層與深層土壤充分混合，可以有效預防或緩解土壤的次生鹽漬化進程。蔬菜保護地連續使用幾年后，種一季露地蔬菜或種一茬糧食作物，對恢復地力、減輕蔬菜生理性病害和病菌引起的病害都有顯著的作用。