黑木耳菌棒制作好之后，要進行發菌管理，這個近段非常重要，關系到黑木耳的產量質量問題，一定要非常注意溫度問題。
黑木耳的生長不用施肥，主要的是依靠菌棒制作及發菌管理，在黑木耳發菌管理管理時要注意以下三點：
菌棒培養應選擇清潔衛生、干燥、通風條件好的場地。場地應事先打掃干凈，用硫磺薰蒸或用5％的苯酚（或過氧乙酸）噴灑進行殺蟲和空間消毒，適時通風換氣，待藥劑的氣味散發后，搬進接種后的菌棒。菌棒移入培養室內發菌一般堆高7—8層，應按“井”字形或三角形排放在室內。若在室外層架堆放，要求層離地面40厘米以上。黑木耳菌絲營養生長階段不需要光線，應避免強光直射。
溫度黑木耳發菌管理重要的一點。黑木耳接種后10天內室溫以26—28℃為宜（不宜超過30℃），在菌孔發出菌絲直徑有6—8厘米大時需及時揭膜，做到早、晚通風增氧，以促進菌絲萌發；當菌絲吃料約10厘米后，應將溫度控制在24—26℃：保持通風；接種20天后，室溫以22℃左右為宜，此時應特別注意散堆，適當增加通風次數；40天后菌絲進人生理成熟階段，袋溫逐漸下降，應根據溫度變化開關門窗調節室溫。關門增溫時一定要注意及時通風，防止“燒菌”。
在菌絲長滿菌袋后要進行刺孔養菌。選擇陰涼天氣，用5—8.3厘米長的鐵釘板進行刺孔排氣，每袋菌棒刺孔9—10行，共約100—110個孔（若選擇不脫袋栽培還需要增加刺孔量），并創造良好的通風透光條件，以利于菌絲恢復生長，促進生理成熟，形成耳芽。在刺孔局部有耳芽形成，但尚未長出袋口時，即可選擇陰涼天氣進行脫袋排場。脫袋時，場地應保持潮濕。