牡丹在生長(zhǎng)過(guò)程中是不可離開(kāi)肥料的，尤其是氮磷鉀等要素較全的肥料，如雞、鴿、兔、蚯蚓、豬、狗、牛、羊糞等有機(jī)肥。但必須經(jīng)過(guò)漚制腐熟才能施用。未經(jīng)腐熟的肥料，發(fā)酵分解一種有機(jī)酸，會(huì)使根腐爛。城市里可用淡水魚(yú)雜、雞雜、碎骨頭等加水漚制腐熟后施用。漚制時(shí)冬曬三個(gè)月，夏曬一個(gè)月以上，制成漿糊狀。需加水稀釋后在生長(zhǎng)期和花后施用，盛夏炎熱時(shí)不施肥。
盆栽牡丹可以施基肥，但也必須經(jīng)過(guò)充分腐熟后施用。施用時(shí)在盆底施上一寸厚的糞肥，然后覆一寸厚的土，切忌根部直接與肥接觸。
為保險(xiǎn)起見(jiàn)，盆栽牡丹不施基肥。盆栽牡丹生長(zhǎng)期，在不接觸根系的情況下，在植株周圍的盆土表層，開(kāi)溝埋一圈腐熟的畜禽糞，使肥料慢慢滲到盆土中，供牡丹生長(zhǎng)用。
為防肥害，盆栽牡丹使用配制好的培養(yǎng)土，以30％畜禽糞，30％的河沙，40％的山坡土或沙質(zhì)土壤，經(jīng)過(guò)一伏天、一冬天的漚制腐熟，制成肥沃的盆土，再栽植牡丹。