迄今為止，我國已經獲得批準登記的微生物肥有400多種，但是實際生產的廠家已經超過了2000多家，因此在我們購買微生物肥的時候一定要注意以下幾個常見問題。
1、沒有獲得農業部登記證產品不能購買
國家規定微生物肥料必須經農業部指定單位檢驗和正規田間試驗，充分證明其效益、、后由農業部批準登記，而且先發給臨時登記證，經3年實際應用檢驗可靠后再發給正式登記證，正式登記證有效期5年。沒有獲得農業部登記證的微生物肥料，質量有可能有問題，不要購買和使用。
2、有效活菌數達不到標準的微生物肥料不能購買
國家規定微生物菌劑有效活菌數≥2億/克（顆粒1億/克），復合微生物肥料和生物有機肥有效活菌數≥2000萬/克。如果達不到這一標準，說明產品質量達不到要求。
3、存放時間超過有效期的微生物肥料不要使用
目前我國微生物肥料有效菌存活時間超過1年的不多，所以選購的微生物肥料要盡快使用，過期的微生物肥料效果肯定不好。
4、存放條件和使用方法須嚴格按規定辦
微生物肥料中很多有效活菌不耐高低溫和強光照射，不耐強酸堿，不能與某些化肥和殺菌劑混合，在使用微生物肥料時必須按產品說明書進行科學保存和使用。