川芎根莖腐病學名Fusarium sp.。病害主要由于種植人員管理粗放，應精心管理和施用農藥，學習川芎根莖腐病防治方法，及時控制病害的發生。
川芎根莖腐病癥狀：
發病部位為莖、根部。受害后其根、莖部先出現黃褐色浸漬狀斑，后變褐黑色干腐，橫切面有明顯近圓形褐色點狀圈，因養分輸送受阻，地上部葉片變黃枯萎。
川芎根莖腐病發病環境及條件：
以菌絲體及厚垣孢子隨病殘體在土壤中越冬。地勢低洼，排水不良，土壤黏重，重茬，高溫，多雨，尤其是忽晴忽雨天氣易發病。多發生于5-7月。
川芎根莖腐病防治方法：
（1）與禾本科作物實行3年以上輪作。
（2）選擇地勢干燥，排水良好的地塊種植。
（3）發現病株立即拔除，用生石灰處理病穴。
（4）發病初用50%多菌靈可濕性粉劑或70%敵克松可濕性粉劑500倍液，加黃腐酸75g混合噴灑或灌注病穴及周圍株，也可用25%敵力脫乳油2500倍液噴灑或灌注，80%綠亨2號粉600倍液灌注。