近年來，在農村使用化學農藥對棉花產生藥害的現象多有發生，有的發生在苗床，有的發生在大田，嚴重影響棉花生長，受害農戶后悔不及，苦不堪言，應該引起重視。
乙草胺的藥害在棉花育苗期，棉種在播后苗前采用乙草胺除草，極易發生藥害，尤其在遇到連續陰雨天氣，棚內高溫高濕時，有利于乙草胺分解，使棉苗芽鞘下部吸收的濃度高，藥害發生較重，甚至可能使苗床內的棉苗全部死亡。其癥狀是整個幼莖表皮呈現黃褐色，部分子葉柄也出現黃褐色，藥害較輕時，內部維管束為綠色，藥害緩解后逐漸恢復生長，藥害較重時，侵害維管束，導致棉苗枯萎。因此，棉花營養缽育苗時不使用乙草胺。若已使用了乙草胺，也應在棉苗出土后，及時曬床降溫，將床土曬白。藥害出現后，在曬床基礎上，適當保溫，促進真葉生長，提高棉苗抗逆性。在棉苗移栽后的生長期，有的地方在使用乙草胺和蓋草能除草后，棉葉出現枯焦現象，這是因為乙草胺能抑制植物細胞分裂；如果受害較輕，在10天內不死，通過加強肥水管理，促進植株生長，則對棉花產量影響不大，因此，千萬不要將乙草胺噴到棉葉上，只能用于作棉田的土壤封閉處理。
2.4-滴丁酯在蘆葦場及其他農田使用該除草劑時，常因飄移而出現大面積棉花受害現象。受害棉花主要癥狀為上部幼嫩葉片成雞爪形，葉片及苞葉皺縮，葉色變綠，苞葉張開，棉蕾變黃脫落，嚴重的有7~8片葉出現上述癥狀，一般的有3~4片葉，較輕的也有1~2片葉，2.4-滴丁酯具有較強的內吸傳導性，對棉花等雙子葉植物幼嫩葉片和腋芽，一旦造成藥害，則不可逆轉。一般在順風方向2500米以內，棉花均可不同程度遭受藥害。另外注意分裝和噴施2.4-滴丁酯的器械要專用，不能接觸或誤噴在棉株葉片上。
二甲四氯誤噴或噴過二甲四氯藥液的噴霧器，不清洗給棉田噴藥，就容易發生藥害。其癥狀是棉葉變成白色，不能進行光合作用，若不及時采取有效措施，整個受害棉田有全部報廢的危險。產生這種情況，受害棉花可用噴施腐植酸鈉溶液的辦法解毒。將粒狀50%腐植酸鈉先對少量水溶散，再加水配成3000倍溶液葉面噴施。
此外，如敵草隆在棉花二片真葉后使用，則會使其藥害率達90%以上；撲草凈會使棉花嫩葉片表現褪色、失綠和枯萎；在生產上常因用過2.4-D的噴霧器未洗凈又用于棉田噴藥，則會立即表現藥害，葉片出現變小、變窄、脈梗扭曲、皺縮、畸形，常呈雞爪狀葉等。
農民們在棉花田使用農藥的時候，一定要科學合理的使用，減少農藥藥害帶給棉花的傷害，提高棉花的產量。