各種障害
土壤酸害：連作蔬菜大棚由于長期施用生理酸性肥料，過量施用氮肥，使硝態氮大量積聚，同時有機肥施用又偏少，土壤緩沖性差，因而使土壤酸化，嚴重時作物會出現死苗，生長點壞死等現象。
土壤鹽漬化：蔬菜大棚全年土溫較高，加之較高的濕度，土壤微生物活動旺盛，加速了土壤養分轉化和有機物質的分解速度，同時由于常年不合理的過量施肥，又缺少雨水淋溶，使殘留在土壤中的各種肥料鹽分隨澆灌水向耕層積聚，形成次生鹽漬。據測定當地土壤鹽濃度達0.3%-0.5%時，因高于植物細胞溶液濃度，作物吸水困難，易發生凋萎，當土壤當中的堿解氮、有效磷、鉀，超過鹽害臨界濃度時，大棚蔬菜易發生鹽分毒害，影響根系植株生長。
二氧化氮和氨過剩中毒：菜農在大棚蔬菜施肥上往往偏重于施氮肥，以為氮肥快，易增產，但卻忽略了氮肥過多的情況下，銨態氮易轉化為亞硝酸二氧化氮氣化，當二氧化氮濃度達到2×10~6時，就會毒害蔬菜葉片，葉背產生白斑和黃色小斑點等肥害狀，同時植株內游離氨過多，病蟲害易發生且加劇。
土壤養分失衡造成生理缺素障害：在連作情況下，連續大量施用相同或相似的肥料，而特定作物對養分的吸收具有一定的選擇性，這樣會使某些元素過度缺乏，而某些元素又過多剩余積累，造成土壤養分不均衡。1.化肥多，有機肥少，影響蔬菜的自然品質。2.氮肥過多，鉀肥缺乏，會降低氮肥利用率，增加肥害。3.大量元素肥料多，往往會降低中、微量元素肥料的有效性，如氮磷過多就會降低鈣、硼、鋅等養分的有效性，連作蔬菜地易發生缺鈣引起的大白菜干燒心，番茄、甜椒臍腐病等，缺硼引起蘿卜、芹菜莖裂病，葉片扭曲變厚變脆等癥狀。
土壤微生物群體異化：大棚土壤微生物群體異化，產生一些生物毒性物質。同種作物根系分泌物相同，導致某些土壤微生物大量繁衍，某些土壤微生物被抑制，這樣微生物群體就會異化，從而不利于土壤的熟化和肥料營養的分解分化，造成土壤性能惡化。另外，連作土壤中微生物群體發生變化可使病殘體逐年積累，土壤病原真菌數量迅速增加，拮抗性細菌和放線菌受到抑制，會造成枯萎病，青枯病和根結線蟲等土傳病害的嚴重發生。
防治措施
1.應用秸稈生物反應堆技術。秸稈在微生物菌種凈化劑等作用下，定向轉化成植物生長所需的二氧化碳，熱量抗病孢子、酶、有機和無機養料，在反應堆種植層內，20厘米耕作層土壤孔隙度提高一倍以上，有益微生物群體增多，水、肥、氣、熱適中，對大棚蔬菜地土壤連作障害有治本的作用。
2.增施有機肥。有機肥養分全面，對土壤酸堿度、鹽分、耕性、緩沖性有調節作用。
3.平衡施肥。化肥施用不合理，尤其是氮肥施用過多，是連作蔬菜大棚土壤障害的主導因素。因此平衡施肥是大棚蔬菜生產、高產、優質、高效的關鍵措施。
4.合理輪作倒茬。利用不同蔬菜作物對養分需求和病蟲害抗性的差異，進行合理的輪作和間、混、套作，也可以減輕土壤障害和土傳病害的發生。
5.深翻消毒。深翻可以增加土壤耕作層，破除土壤板結，提高土壤通透性，改善土壤理化性狀，消除土壤連作障害。結合深翻整地用棉隆顆粒劑進行化學消毒，也可有效減輕連作障害的發生。
6.調節土壤pH值。蔬菜連作引起土壤酸化是一種普遍現象，每年對棚內土壤要作一次pH值檢測，當pH≤5.5時，翻地時每畝可施用石灰50-100公斤，與土壤充分混勻，這樣不但可提高pH值，還對土壤病菌有殺滅作用。