在冬季棚室黃瓜栽培中，黃瓜易生霜霉病、細菌性角斑病和黃瓜靶斑病，尤其是近幾年，病害發展迅速，難以控制。黃瓜霜霉病與細菌性角斑病的癥狀基本相同，發病初期葉背面出現水浸狀病斑，病斑逐漸擴大，受葉脈限制，呈多角形褐色病斑，后期濕度大時霜霉病病斑上長出灰黑色的霉層，細菌性角斑病則有白色菌膿流出。
對于防治黃瓜霜霉病的市面上有很多種，例如普力克、阿米西達、烯酰嗎啉等藥劑都可以用于霜霉病的防治，細菌性角斑病可以使用銅制劑、類殺菌劑和葉枯唑等藥劑進行，對于上面兩種病害，“防”病措施要合理，尤其是黃瓜霜霉病，由于菜農們用藥的濃度大，用藥重復等情況導致病菌的抗藥能力不斷地增強。專家建議在防病時應以保護性殺菌劑為主，發病后要不斷更換藥劑來降低病原菌的抗藥性。
黃瓜靶斑病是近幾年來在黃瓜上高發的病害之一，病斑初期是個透明的小點，在陽光下觀察會發現病斑中心有一個針尖大小的小黃點，后期病斑發展受葉脈的限制也呈不規則的多角形，對于發病的植株可以使用33.5%喹啉酮750倍液混加80%福美雙500倍液進行葉面噴施。
黃瓜病害除防治以外，棚室管理是不容忽視的。首先要做好棚室內部環境的調控，一般白天溫度應控制在25~30℃，夜間溫度應保持在12~15℃。同時要加強通風排濕，即使低溫的時候，在棚內溫度允許的情況下也應盡量拉開風口。同時注意這段時間應減少澆水，使用百菌清等煙劑熏棚，降低棚室的濕度。連陰天也應盡量拉開草簾子，使黃瓜接受散射光。