棉花苗期對于殺菌劑等農藥害比較敏感，所以在棉花苗期使用殺菌劑是，一定要注意以下幾點。
一、在選擇殺菌劑時要弄清殺菌劑的性質。殺菌劑有兩種類型，一種是保護劑，這類殺菌劑是預防植物發病的，如波爾多液、代森錳鋅、多菌靈等；另一種是劑，是在植物發病后施用的，以殺滅或抑制侵入植物體內的病原菌，劑在發病初期施用效果較好，如抗枯寧、保治達等復合型殺菌劑。
二、殺菌劑應在上午9時前或下午4時后噴施。若在烈日下噴施，藥劑易分解、蒸發，不利于作物吸收。
三、殺菌劑不能與堿性農藥混用。不能隨意加大或減少殺菌劑的使用量，且應隨配隨用。
四、殺菌劑多為粉劑、乳劑和膠懸劑，在施用前一定要稀釋。稀釋時先放藥，后對水，再用棍棒攪拌。與其他農藥混用時，也應先稀釋殺菌劑后混入其他農藥。
五、使用殺菌劑噴施的間隔期為7-10天。對黏附性不強、內吸性差的藥劑，噴藥后3小時內遇雨，雨后須重噴。
以上就是棉花苗期使用殺菌劑應注意的事項。