常見的青椒病共有三種：青椒疫病、青椒炭疽病、青椒軟腐病。多發生在青椒的幼苗至成株期，在青椒“虛弱”的時間段，在選用農藥進行防治時要考慮到青椒的生長問題，否則產生藥害就好發生不可知的后果。
一是青椒疫病，這是青椒生產的主要病害，幼苗發病可引起猝倒，嚴重時造成幼苗成片枯死。成株發病，可危害各個部位，導致葉、果青枯、軟化腐爛，病部有灰白色霉層。防治上要避免與瓜、茄果類連作，要高畦栽培，清理田園，及時除掉病株、病葉、病果；合理灌水、控水；初發病用40%乙膦鋁可濕粉200倍，或64%殺毒礬M8可濕粉400-500倍，或70%百菌清可濕粉600倍液噴霧防治。
二是青椒炭疽病，從幼苗至成株均可發病，主要危害葉片和果實。當發現病情后，及時用70%甲基硫菌靈可濕粉500-600倍液，或50%多菌靈可濕粉400-600倍液，或25%菌百克可濕粉750-1000倍液噴霧防治。
三是青椒軟腐病，如果發現此病害要噴72%農用鏈霉素4000倍液，或新植霉素4000倍液，或77%可殺得500倍液。