青椒的整個生長周期里常見的病態分別是：青椒的疫病、青椒軟腐、青椒炭疽這幾種為常見危害也是很強。這些病癥主要對發在青椒“脆弱”的階段---苗期至成株期，在施用農藥防治的時間也主要到青椒的生長階段的不同，合理用藥謹防出現不合理使用農藥而發生的藥害問題。
一是青椒疫病，這是青椒生產的主要病害，幼苗發病可引起猝倒，嚴重時造成幼苗成片枯死。成株發病，可危害各個部位，導致葉、果青枯、軟化腐爛，病部有灰白色霉層。防治上要避免與瓜、茄果類連作，要高畦栽培，清理田園，及時除掉病株、病葉、病果；合理灌水、控水；初發病用40%乙膦鋁可濕粉200倍，或64%殺毒礬M8可濕粉400-500倍，或70%百菌清可濕粉600倍液噴霧防治。
二是青椒炭疽病，從幼苗至成株均可發病，主要危害葉片和果實。當發現病情后，及時用70%甲基硫菌靈可濕粉500-600倍液，或50%多菌靈可濕粉400-600倍液，或25%菌百克可濕粉750-1000倍液噴霧防治。
三是青椒軟腐病，如果發現此病害要噴72%農用鏈霉素4000倍液，或新植霉素4000倍液，或77%可殺得500倍液。