農藥殺菌劑防治植物病蟲草害的一種既經濟又有效的方法，但是殺菌劑的使用也是要注意方式方法的，具體來說需要注意以下幾個方面：
合理配制濃度
不同的殺菌劑其使用濃度都有特殊要求，配制濃度時一定要嚴格按照使用說明書操作，不可隨意加大或縮小。如果濃度過高就極易造成藥害，而濃度過低則達不到用藥防治病害的效果。
謹慎混用
不少殺菌劑為堿性農藥，故不能與遇堿性物質易分解失效的殺蟲劑混用，否則會發生中和反應而失效。還有一些殺菌劑不能混用，否則會造成殺蟲（菌）微生物喪失生理活性。 當然，也不是所有的殺菌劑都不能與其他農藥混用，有少數殺菌劑與農藥混合后還能起到增效的作用。
選準噴施時間
噴藥時間過早不僅造成浪費，而且會降低防治效果。而噴藥時間過遲，則因大量病原物已經侵入寄主或造成危害事倍功半。使用殺菌劑時應根據作物不同病害的發生規律、預測預報以及病害發生的具體情況及時用藥。
掌握用藥次數
殺菌劑的噴藥次數主要是根據藥劑殘效期的長短和氣象條件來確定。一般每隔10～15天噴一次，共噴2～3次。遇特殊情況，如施藥后遇雨，應及時補噴一次。
提高用藥質量
殺菌劑的噴施質量包括用藥數量和噴施質量。用藥數量要適宜，噴藥時要求霧點細密、均勻，要噴遍植株莖干和葉片正反面，力求做到不漏噴。
注意規避抗藥性
長期使用單一的殺菌劑會導致病原物產生抗藥性，即使多次重復用藥也無濟于事，甚至變本加厲。為規避病害抗藥性，要在科學選用農藥的基礎上，做好不同類型的藥劑的交替使用。
嚴格防止藥害
殺菌劑造成藥害有多種原因，一般水溶性較強的藥劑容易發生藥害，不同作物對藥劑的敏感性也不同。藥害產生與氣象條件如氣溫、日照等也有一定關系，一般高溫干旱、日照強烈或霧重、高濕等條件下用藥極易引起作物藥害。