農藥的毒性是指藥劑對人體、家畜、家禽、水生動物和其他有益動物的危害程度。了解農藥的毒性與哪些因素有關對減輕農藥對人畜危害，合理使用農藥具有重要意義，應該引起重視。
1、與農藥的類別有關。一般來說，殺蟲劑對人和動物的毒性，因為它們產生急性口服毒性反應的能力強。如有機磷殺蟲劑中的對硫磷、速滅磷、乙基谷硫磷等都是劇毒型農藥。殺蟲作用機理與有機磷類相同的氨基甲酸脂類農藥，其毒性變化值很大，如涕滅威是劇毒的，但西維因和抗蚜威毒性相對就低多了。菊酯類農藥對人或哺乳動物毒性低或有中等毒性，但對蜜蜂和魚則是高毒的。
除草劑的毒性比殺蟲劑低得多，但有些除草劑如有機砷類的地樂酚和百草枯，如果使用過程中不謹慎，也會產生毒性。殺菌劑中除了含汞和鎘化合物的外，它們對哺乳動物的毒性相當低。有機氯類殺蟲劑，是非常穩定的化學物質，它們進入人體或環境中能留于其中累積起來，使慢性毒性的危害增加。
2、與農藥的劑型有關。用來殺滅地下害蟲的呋喃丹屬于高毒性農藥，但使用3%的呋喃丹顆粒劑就能大大降低它的危害性，這也是高毒顆粒劑農藥不能用來用水稀釋噴施的原因之一。又如阿維菌素也屬于高毒農藥，但由于它加工成的制劑含量都很低，其制劑經口、經皮毒性都屬于低毒的范圍。
3、與液態農藥制劑中有機溶劑的毒性有關。在一些液態農藥制劑如乳油、可溶液劑、微乳劑等，在加工過程中都不可避免地要加入一些有機溶劑、增溶劑、乳化劑和極性溶劑等，如常見的有苯、二甲苯、丙酮等有機物質。這些有機溶劑相對于一些高毒農藥，毒性可能并不高，但相對于一些低毒、微毒農藥，毒性卻不低，甚至有些還高于農藥本身。尤其是大量使用的乳油產品，因大量使用了苯類有機溶劑，對環境和人體的影響為嚴重。
例如在2.5%溴氰菊酯乳油中，溴氰菊酯含量只占到2.5%，而二甲苯含量卻高達80%以上。有關專家指出，溴氰菊酯乳油造成人的急性中毒，主要為二甲苯所致。目前，以水為基質，不用或少用有機溶劑，對環境友好、對人體低毒或完全的一些農藥新劑型，如水乳劑、水劑、懸浮劑等產品，正在逐步取代大量使用有機溶劑的產品，并受到消費者歡迎，道理也在這里。