烤煙苗常發的病害均是以防為首的，在農藥出手前要做好前期的消毒工作，在及時的清理病原，六種病害分別是：野火病、普通花葉病、根腐病、猝到病、野蛞蝓、蚜蟲和潛葉蠅。
烤煙漂浮育苗的病蟲害防治主要以預防為主，消除病源，控制發病條件。育苗前認真做好消毒工作，在育苗過程中嚴格工作人員和使用器材的消毒，基本不會發生病蟲害。如果發生病蟲害，及時將病苗全部，同時對其它煙苗進行防治。
1、野火病防治
漂浮育苗中容易出現野火病，采用噴灑農用連霉素進行防治。同時采用500萬單位青霉素+500萬單位連霉素+2%濃度的農用連霉素對剪苗器械進行消毒也可發很好的防治野火病的發生。
2、普通花葉病防治
烤煙漂浮育苗，特別是在長期育苗的棚中容易出現普通花葉病。普通花葉病很難防治，主要是防止病毒的感染與傳播，除做好消毒工作外，在剪苗過程中每剪一次苗就進行一次“植病靈”的防治，也可以用鮮牛奶和水以1：1的比例噴施進行預防。如已發現病株應及時整盤或整池，嚴禁移入大田。
3、根腐病防治
烤煙漂浮育苗要特別注意水的質量。如果水的質量不過關容易引起根腐病。而且剪根后要將盤底殘留的根系清洗干凈，剪去的殘根留在育苗池中也容易引起根腐病。防治方法：采用甲霜靈按800倍液兌在漂浮池中。
4、猝到病防治
煙苗的近地表處呈褐色水漬狀腐爛暗綠色的病苗成片幼苗倒伏死亡，在煙苗3片真葉前發病較重。發病初期在病苗的近地表處呈褐色水漬狀腐爛，病苗呈暗綠色。嚴重時成片幼苗倒伏死亡，似開水。采用減少苗床澆水數量，降低煙苗床濕度方法進行預防；發病初期，用58%甲霜靈錳鋅600倍液、50%甲基硫菌靈1000倍液等噴霧防治，間隔7天再噴施一次。
5、野蛞蝓防治
野蛞蝓屬于軟體動物，體光軟，全身褐色或灰褐色。晝伏夜出，爬過的地方留有白色痕跡。常取食煙苗心葉或生長點，造成缺刻、孔洞或生長點被毀，嚴重時造成大片煙苗死亡。在苗床周圍撒施生石灰阻止蛞蝓遷入煙苗為害，也可以用菜葉誘捕或用1千克粉碎油茶枯加水10公斤制成油茶枯浸提液噴施煙苗床進行防治。
6、蚜蟲和潛葉蠅防治
蚜蟲是烤煙生產整個過程中經常出現的蟲害。在苗期采用防蟲網可有效的防治蚜蟲和潛葉蠅的危害。如果由于管理不當產生蚜蟲和潛葉蠅的危害，采用90%的敵百蟲1000倍液、萬靈3000～4000倍液、50%的抗蚜威可濕性粉劑進行防治。