在我國北部、東北部麥區，病菌能在麥株殘體、帶病種子和其它植物如稗草、玉米、大豆紅蓼等殘體上以菌絲體或子囊殼越冬。在北方冬麥區則以菌絲體在小麥、玉米穗軸上越夏越冬，次年條件適宜時產生子囊殼放射出子囊孢子進行侵染。赤霉病主要通過風雨傳播，雨水作用較大。春季氣溫7℃以上，土壤含水量大于50%形成子囊殼，氣溫高于12℃形成子囊孢子。在降雨或空氣潮濕的情況下，子囊孢子成熟并散落在花藥上，經花絲侵染小穗發病。遲熟、穎殼較厚、不耐肥品種發病較重；田間病殘體菌量大發病重；地勢低洼、排水不良、粘重土壤，偏施氮肥、密度大，田間郁閉發病重。
防治方法（1）選用抗（耐）病品種目前雖未找到免疫品種，但有一些農藝性狀良好的耐病品種，如蘇麥3號、蘇麥2號、湘麥1號、揚麥4號、萬雅2號、揚麥5號、158號，遼春4號、早麥5號、興麥17、西農88、西農881、周麥9號-矮優688系、新寶豐（7228）綿麥26號、皖麥27號、萬年2號、鄭引1號、2133、寧8026、寧8017等。春小麥有定豐3號、寧春24號。各地可因地制宜地選用。（2）農業防治合理排灌，濕地要開溝排水。收獲后要深耕滅茬，減少菌源。適時播種，避開揚花期遇雨。提倡施用酵素菌漚制的堆肥，采用配方施肥技術，合時施肥，忌偏施氮肥，提高植株抗病力。（3）播種前進行石灰水浸種，方法參見小麥散黑穗病。（4）藥劑防治①用增產菌拌種。每6672用固體菌劑100-150g或液體菌劑50ml對水噴灑種子拌勻，晾干后種。②防治重點是在小麥揚花期預防穗腐發生。在始花期噴灑50%多菌靈可濕性粉劑800倍液或60%多菌靈鹽酸鹽（防霉寶）可濕性粉劑1000倍液、505甲基硫菌靈可濕性粉劑1000倍液、50%多·霉威可濕性粉劑800-1000倍液、605甲霉靈可濕性粉劑1000倍液，隔5-7天防治一次即可。也可用機動彌霧機噴藥。