農藥殺菌劑防治植物病蟲草害的一種既經濟又有效的方法，但是殺菌劑的使用也是要注意方式方法的，具體來說需要注意以下幾個方面：
嚴格防止藥害
殺菌劑造成藥害有多種原因，一般水溶性較強的藥劑容易發生藥害，不同作物對藥劑的敏感性也不同，例如波爾多液一般不會造成藥害，但對銅敏感的作物卻可能產生藥害。
豆類、馬鈴薯、棉花對石硫合劑敏感，藥害的幾率較高。另外，作物在不同生長發育階段對藥劑的反應也不同，一般幼苗和孕穗開花階段容易產生藥害。
提醒：藥害產生與氣象條件如氣溫、日照等也有一定關系，一般高溫干旱、日照強烈或霧重、高濕等條件下用藥極易引起作物藥害。
合理配制濃度
使用殺菌劑（包括水劑和可濕性粉劑）噴霧時，都需要用水將藥劑配成或稀釋成適當的濃度。
提醒：不同的殺菌劑其使用濃度都有特殊要求，配制濃度時一定要嚴格按照使用說明書操作，不可隨意加大或縮小。如果濃度過高就極易造成藥害，而濃度過低則達不到用藥防治病害的效果。
謹慎混用
不少殺菌劑為堿性農藥，故不能與遇堿性物質易分解失效的殺蟲劑混用。如波爾多液、石硫合劑等呈堿性，不能和1605、樂果、敵敵畏等混合使用，否則會發生中和反應而失效。
還有一些殺菌劑如多菌靈、白僵菌等不能與波爾多液、石硫合劑、托布津等殺菌劑混用，這樣會造成殺蟲（菌）微生物喪失生理活性或殺蟲（菌）能力而失效。
當然，也不是所有的殺菌劑都不能與其他農藥混用，有少數殺菌劑與農藥混合后還能起到增效的作用。
例如，樂果與酸性殺菌性如代森鋅或可濕性硫黃或膠體硫等混用，不僅不會影響藥效的發揮，反而還有提高藥效的作用。
選準噴施時間
噴藥時間過早不僅造成浪費，而且會降低防治效果。而噴藥時間過遲，則因大量病原物已經侵入寄主或造成危害事倍功半。
因此，使用殺菌劑時應根據作物不同病害的發生規律、預測預報以及病害發生的具體情況及時用藥。
通常殺菌劑的用藥時間應掌握在發病前（保護用藥）或發病初期（防患于未然）為佳。
掌握用藥次數
殺菌劑的噴藥次數主要是根據藥劑殘效期的長短和氣象條件來確定。
一般每隔10～15天噴一次，共噴2～3次。遇特殊情況，如施藥后遇雨，應及時補噴一次。
提高用藥質量
殺菌劑的噴施質量包括用藥數量和噴施質量。
用藥數量要適宜，既不要因為用藥過多增大成本、造成藥害，又不要因為用藥過少而無法達到用藥目的。
噴藥時要求霧點細密、均勻，要噴遍植株莖干和葉片正反面，力求做到不漏噴。
注意規避抗藥性
長期使用單一的殺菌劑（主要是內吸殺菌劑），會導致病原物產生抗藥性，即使多次重復用藥也無濟于事，甚至變本加厲。