小麥是我國的重要糧食作物，但小麥生長過程中遇到的病蟲害也不少，如果抓住秋播期對種子進行藥劑拌種，對小麥的多種病害可起到事半功倍的防治作用。
全蝕病：該病是小麥生產上的一種毀滅性根部病害，一旦發生全蝕病用藥防治效果甚微。播種前用藥拌種，是防治全蝕病的簡便有效的措施。目前適用于防治該病的藥劑主要有苯醚。甲環唑、咯菌腈、三唑酮、戊唑醇、已唑醇、福美雙、硅噻菌胺等。在播種前，每100公斤小麥種子分別用12.5%硅噻菌胺懸浮劑200毫升、300毫升，3%苯醚。甲環唑懸浮種衣劑300毫升，2.5%咯菌腈種衣懸浮劑100毫升加3%苯醚。甲環唑懸浮種衣劑500毫升，15%三唑酮可濕性粉劑200克，拌種防治小麥全蝕病，均有良好的防治效果。在上述藥劑中，以12.5%的硅噻菌胺拌種效果，能干擾錢全蝕病菌的活動，抑制病菌侵染，在輕病田使用可將產量恢復到正常水平，在重病田使用能顯著減少產量損失。經藥劑拌種處理的小麥種子周圍能形成藥劑保護圈，隨著種子萌發藥劑保護圈逐漸擴大，使根系不受病菌侵染或少侵染，不破壞土壤的微生物群，還能殺死種子表面的病菌，抑制病菌孢子萌發，對小麥生長有刺激作用，能促進分蘗，提高根系發育能力，提高植株抗倒、抗旱、抗干熱風能力。使用12.5%硅噻菌胺懸浮劑，一般輕病田用20-30毫升，對水0.5-0.75公斤，拌麥種10-15公斤；重病田用20毫升拌麥種6.5-7.5公斤。拌種后堆悶6-12小時，晾干后播種。
黑穗病（包括小麥散黑穗病和腥黑穗病）：小麥黑穗病是花器侵染病害，一年只侵染一次，帶菌種子是病害傳播的主要途徑，病菌以菌絲潛伏在種子胚內，帶菌種子萌發時，潛伏的菌絲可開始萌發，隨小麥生長發育經生長點向上發展，侵入穗原基，孕穗時菌絲體迅速發展，使麥穗變為黑粉（厚垣孢子）。防治小麥黑穗病用藥處理種子是關鍵。目前適用于拌種防治小麥黑穗病藥劑主要有三唑醇、烯唑醇、戊唑醇、三唑醇、咯菌腈、三唑酮、五氯硝基苯等，如用25%三唑酮可濕性粉劑，按小麥種子重量0.1%拌種，或采用50%多菌靈、33%紋霉清、12.5%禾果利等藥劑按種子重要的0.2%-0.3%拌種。或在小麥播種前用立克秀2%戊唑醇濕拌種劑10-15克，加少量水調成糊狀，均勻拌小麥種子10公斤，晾干后拌種，此外，還可選用敵委丹（30克/升苯醚甲環唑懸浮種衣劑）、75%五氯硝基苯粉劑、浸種靈2號（5.5%二硫氰基甲烷乳油）、適樂時（25克/升咯菌腈懸浮種衣劑）、4.8%苯醚。咯菌腈懸浮種衣劑等，拌種處理對小麥散黑穗病和腥黑穗病防效均在90%以上。
銹病、白粉病：小麥銹病又稱黃疸病，是小麥的主要病害之一，輕者麥粒不飽滿，重者植株枯死，不能抽穗，給小麥生產造成重大損失。播種前用藥劑拌種有較好的防病效果。一般用三唑酮按種子重量的0.03%有效成分拌種，或用12.5%特普唑按種子重量的0.12%的有效成分拌種，春小麥藥效可維持60天左右；冬小麥拌種后，冬前麥苗發病少，而且能延續到第二年病害流行期。也可以用25%三唑酮可濕性粉劑120克，拌麥種100公斤，拌勻后悶1-2小時再播種。防治小麥白粉病實行藥劑拌種，可以推遲發病始期，結合防治小麥銹病等病害，使用立克秀懸浮種衣劑或三唑酮可濕性粉劑進行藥劑拌種，可以推遲發病時間。
矮苗壯拌種提高小麥抗逆性。矮苗壯是一種由多效唑、強力增產素等多種成分組合而成的植物生長調節劑，秋播時用于拌麥種，可以提高小麥植株抗凍和抗倒伏能力，有利于提高產量。其作用一是可以提高種子發芽勢、發芽率和成苗率各1-2個百分點。二是可以提高麥苗素質，增強植株抗逆能力。出苗后葉色深、葉肉厚、葉片短、寬、厚、挺，有利于葉片光合作用。同時細胞液濃度增加麥苗抗寒力增強。三是可以增加麥苗單株分蘗，控制株高，有利于健壯生長。其使用方法是：每公斤小麥種子用矮苗壯2克，加入麥種重量4%-5%的水拌種，加水量不宜過大，否則會影響控制效果。用其拌麥種后，應提高播種質量，播種深淺一致，保持土壤墑情適宜，播后遇旱應及時灌水等。
在進行麥種拌種時，有時為防治地下害蟲，還可加入相應的殺蟲劑以防治土壤中的金針蟲、螻蛄、蠐螬，同時兼治早期發生的蚜蟲和灰飛虱，以控制小麥叢矮病和黃矮病的發生。一般選用的藥劑有40%甲基異柳磷乳油50毫升，或50%辛硫磷乳油100毫升，對水1-2公斤拌50公斤麥種即可。在實行藥劑拌種時，應注意不同的殺菌劑不宜混用，以免藥量過大，產生藥害；殺菌劑和殺蟲劑混用時要控制用量，以防對種子造成傷害，影響出苗率。種子應做到隨拌隨用，播種后盡量使土壤保持濕潤，充分發揮藥效。對購買的包衣種子可在播前進行曬種，不需要做拌種處理。