茶樹菇發菌速度慢，培養時間長，易受鏈孢霉菌為害；出菇階段易發生細菌性病害及菌蚊等為害。茶樹菇出菇不齊，給防治菌蚊帶來不便，所以要掌握蟲情，結合出菇動態，采用高效、低毒的藥劑。
①、病害防治：
幼菇期常遇到細菌性病害，定期在地面撒石灰粉或噴石灰粉加漂白粉混合劑，可減輕病害發生。病害發生應及時清理干凈，根據具體情況選擇如下藥劑噴灑：70%甲基硫菌靈可濕性粉劑1500倍、80%二氯異氰尿酸可濕性粉劑1000倍、10%特克多可濕性粉劑1000倍、50%多菌靈可濕性粉劑1000倍、65%代森鋅可濕性粉劑500倍。
②、蟲害防治A、驅避或毒餌：在門窗處掛上醮有敵敵畏的棉布條，可防蚊、蠅進入。螨類較多可用500克醋酸、50克紅糖和500克水的混合液，滴入數滴敵敵畏拌均勻，用布條沾上混合液，掛在菇架上，每隔一定時間取下布條，泡入開水中，將蟲殺死，布條浸入糖醋液反復多次使用，效果顯著。
B、直接噴灑農藥：若發現蟲、螨較多時，在每潮菇采收后，選用如下藥劑噴殺：2.5%溴氰菊酯乳劑2500-3000倍、20%殺滅菊酯乳劑1500-2000倍，20%綠百事乳劑2000-3000倍。